计算化学公社

标题: 求助：关于利用MS计算水自扩散系数 [打印本页]

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-15 11:30
标题: 求助：关于利用MS计算水自扩散系数
sob老师和各位大佬好，我最近一直苦于利用MS求不出水的自扩散系数，今看到文献里把水的初始结构设置成了面心立方结构，文献的结果是2.9e-9,我也学着试了一下，结果是3.2e-9。
请问为什么要把水的初始结构设置为面心立方结构。另，若有用过MS计算过水自扩散系数的大佬麻烦告知一下设置具体参数。
感谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-16 02:30
文献里瞎用词。根本就不叫什么面心立方，那就叫立方，表示三个方向盒子长度相同。模拟小分子液体若无特殊情况都是用立方盒子。

作者
Author: ocbrother 时间: 2020-12-16 09:04

sobereva 发表于 2020-12-16 02:30
文献里瞎用词。根本就不叫什么面心立方，那就叫立方，表示三个方向盒子长度相同。模拟小分子液体若无特殊情 ...

谢谢sob老师回答。
我用Cu(铜)的晶体结构，先把Cu替换成O，再MAKE P1，然后自动加氢，最后supercell得到256水分子。并且计算了扩散系数。同时我用AC也算了256个水分子扩散系数，参数设置一摸一样，但是两者结果差好多，并且第一种做法更接近实验值。我不知该如何解释这个。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-17 09:38

ocbrother 发表于 2020-12-16 09:04
谢谢sob老师回答。
我用Cu(铜)的晶体结构，先把Cu替换成O，再MAKE P1，然后自动加氢，最后supercell得到 ...

水和铜的结构没有任何相关性。基于Cu的晶胞来构建液相水模型完全莫名其妙
我从来不用M$算这类问题，我一律用GROMACS，强太多了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)