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标题: 求助：改用amber14sb后出现这个报错 [打印本页]

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Author: BabysBreath 时间: 2020-12-15 12:16
标题: 求助：改用amber14sb后出现这个报错
不好意思打扰各位老师，因为gromacs里有的amber力场稍微有点旧所以我新装了一个amber14sb力场，但是再做到加离子前的时候出现了这个报错，想麻烦问一下各位老师这个是什么原因呢？谢谢各位老师~

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Author: liuyuje714 时间: 2020-12-15 12:36
这是amber14sb中有些二面角参数缺失，应该是个bug，所以我一般也不建议用这个力场，我个人遇到的问题解决方法是在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ] ; improper下面添加两行：

NA CW CC CT 4 180.00 4.60240 2
NA CV CC CT 4 180.00 4.60240 2

复制代码

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Author: BabysBreath 时间: 2020-12-15 18:42

liuyuje714 发表于 2020-12-15 12:36
这是amber14sb中有些二面角参数缺失，应该是个bug，所以我一般也不建议用这个力场，我个人遇到的问题解决方 ...

好的，谢谢老师~另外还想麻烦那您一般用的是哪个力场呢？我现在是99sb模拟的时候结果不太好，所以想换个力场试一下~

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Author: sobereva 时间: 2020-12-16 02:36
看相应文件里的相应行，到底缺的是什么二面角项，在ffbonded.itp里添加就完了
如果是gromacs网站上下的14SB力场包，我倒是没发现什么问题

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Author: BabysBreath 时间: 2020-12-17 15:10

sobereva 发表于 2020-12-16 02:36
看相应文件里的相应行，到底缺的是什么二面角项，在ffbonded.itp里添加就完了
如果是gromacs网站上下的14S ...

嗯社长我就从gromacs上下载的力场包，而且是用您之前说过的Dec2017那个版本的，但是还是有报错我也觉得很奇怪。缺的东西目前看是二面角，但是在做模拟的时候发现一个问题，就是蛋白质中的ca和cl总是容易跑出去蛋白，且水溶液里的na离子会跑进蛋白，就感觉很奇怪~另外如果可以的话社长可以麻烦再贴一个力场包的网站链接嘛？我想看看是不是我下错了，谢谢社长~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 05:59

BabysBreath 发表于 2020-12-17 15:10
嗯社长我就从gromacs上下载的力场包，而且是用您之前说过的Dec2017那个版本的，但是还是有报错我也觉得很 ...

http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

蛋白和外部的Na、Cl离子交换是非常正常的事。而一般二价碱金属离子都会结合得比较牢固（也可以具体看看离子附近有什么带负电的基团与之作用）

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Author: BabysBreath 时间: 2020-12-18 10:53

sobereva 发表于 2020-12-18 05:59
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

蛋白和外部的Na、Cl离子交换是非 ...

好哒，我看一下，谢谢社长~

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-26 16:42

liuyuje714 发表于 2020-12-15 12:36
这是amber14sb中有些二面角参数缺失，应该是个bug，所以我一般也不建议用这个力场，我个人遇到的问题解决方 ...

您好，请问这个力场的包可以给我发一份吗，我的邮箱是lijunchen0921@163.com，非常感谢

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