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标题: 求助：npt下牵引时体系无限膨胀 [打印本页]

作者
Author: haichang 时间: 2020-12-15 12:58
标题: 求助：npt下牵引时体系无限膨胀
我在固液体系中做牵引时，用npt系综，只在z方向压力耦合，牵引速率设为0，下面的7层固体(命名为GRA)freeze，上面的一层绿色固体（命名为SLA）只在xy方向freeze，在z方向可自由移动，牵引方向也是只在z方向。GRA与SLA之间去除作用力；GRA与水之间是正常的LJ作用；SLA与水分子之间只有斥力，没有引力，即只有LJ中的C(12)项,没有C(6)项。体系初始构型如图1。出现以下奇异现象：（1）盒子随着时间迅速无限地向z方向膨胀，图2是mdp设置，图3是跑30万步时就已经膨胀了这么多。
（2）如果把SLA固体在xyz三个方向都冻结住，则体系正常，不会膨胀。
（3）不用牵引，仅仅在npt下跑，如果把SLA在三个方向冻结，体系正常；如果将SLA只冻结xy方向，也是无限膨胀。
（4）不是freeze的问题，我把freeze改为位置约束，结果类似。
（5）牵引时如果SLA固体与水分子之间改成正常的LJ势函数，既有斥力又有引力，则正常，如图4。
我的模拟体系需要GRA固体固定，SLA固体限定在不同的z坐标位置在npt下进行牵引，且SLA与水分子之间需要只有斥力。遇到上述情况，实在是难以解决，希望大神们帮帮忙，谢谢大家。
另外，我如果先把SLA固定在我需要的不同位置下先npt，平衡后再在nvt下进行牵引速度为0的牵引，是不是也相当于是在npt下牵引的？

作者
Author: tong123ing 时间: 2021-6-30 22:49
请问解决了吗？

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