计算化学公社

标题: 求助Y(OMe)3几何优化出现虚频，有18个负值 [打印本页]

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-15 17:48
标题: 求助Y(OMe)3几何优化出现虚频，有18个负值
计算Y(OMe)3的优化结构，但是一直有虚频，用过tight，calcfc，int=ultrafine，还是有虚频。请问怎么解决

作者
Author: elvisng 时间: 2020-12-15 18:04
看看虛頻震動的方向

看看是不是因為你的初始結構對稱性太高, 如果是, 就調整一下結構讓它不對稱, 然後重新優化

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-15 18:27
初始结构严重不合理，Y-O-C是弯的，不是直的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-15 18:37
除了楼上说的结构不合理外，建议同时贴出你的关键词、所用基组、赝势（如果有用到赝势的话），让大家鉴定下是否输入文件也写的不合理

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-15 18:43

zjxitcc 发表于 2020-12-15 18:37
除了楼上说的结构不合理外，建议同时贴出你的关键词、所用基组、赝势（如果有用到赝势的话），让大家鉴定下 ...

我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\WXDFT\Y(OMe)3.chk
----------------------------------------------------
# # b3lyp/GENECP FREQ OPT(MAXCYCLE=200) INT=ultrafin
----------------------------------------------------

Y                   -1.65975  -0.02075 0.
O                   -1.93075  -1.66775  -1.614
O                   -3.88775 1.72225  -1.614
O                   0.02625 1.72225  -1.614
C                   0.83825 2.56125  -2.391
C                   -4.84675 2.47225  -2.309
C                   -2.09375  -2.66275  -2.588
H                   1.75725 2.01125  -2.694
H                   0.28025 2.87925  -3.299
H                   1.12225 3.45725  -1.795
H                   -5.72675 1.83025  -2.538
H                   -5.16975 3.33225  -1.681
H                   -4.40575 2.85025  -3.258
H                   -3.17875  -2.81775  -2.783
H                   -1.59075  -2.34575  -3.529
H                   -1.64175  -3.61375  -2.227

C O 0
6-31G*
****
Y 0
LANL2DZ
****

Y 0
LANL2DZ

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-15 18:52

z472673893 发表于 2020-12-15 18:43
我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:%users\Administ ...

把文件格式弄完整，不要随便贴，#行要贴完整，还有电荷、自旋多重度。

作者
Author: Novice 时间: 2020-12-15 19:45
提供给你个坐标，你试试

Y       -1.81439366912042 0.47469676144632 -0.64218157198045
O       -1.18329931506863 -0.89656522252451 -1.87025740601473
O       -3.66239563249491 0.81989371390353 -1.13553747325405
O       -0.81931022256911 2.07811252952579 -1.11631576799610
C       -0.12727966942374 2.08474301069505 -2.33752862866126
C       -3.89922486654120 1.79331433442707 -2.11717367621100
C       -2.04524520149533 -1.62673711968094 -2.70390849313159
H       0.76028179679158 1.43323887579337 -2.30433878012457
H       -0.77429170342413 1.77086738906781 -3.17974059897828
H       0.20398269454773 3.11498456845549 -2.52745475669299
H       -4.96848572524287 1.76044442925318 -2.36834466124580
H       -3.65790224999492 2.80608970852289 -1.75440742545784
H       -3.32521446622087 1.59273507814292 -3.04443128457405
H       -2.78731218097209 -0.97671490503920 -3.20021004502195
H       -1.43341713931915 -2.10259095962026 -3.48251714875428
H       -2.57449244945130 -2.41651219237242 -2.14965228190964

——————————————————
如果不能得到合理的初始结构可以参考下面这个帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-12578-1-1.html

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-15 20:21

z472673893 发表于 2020-12-15 18:43
我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:%users\Administ ...

我是说Y-O-C是弯的，不是说Y是突出的。
建议找个教材自学金属有机化学再来做计算吧，这种分子的结构都是基础的金属有机化学会教的内容。不然你算出来结果也不可信。

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-15 22:26

wzkchem5 发表于 2020-12-15 20:21
我是说Y-O-C是弯的，不是说Y是突出的。
建议找个教材自学金属有机化学再来做计算吧，这种分子的结构都是 ...

嗯嗯，刚开始接触，看文献里这样画的我就这样画了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-15 22:28

z472673893 发表于 2020-12-15 22:26
嗯嗯，刚开始接触，看文献里这样画的我就这样画了

影响因子太低的文章，或者实验占绝大部分的文章，不要信

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-15 22:28

zjxitcc 发表于 2020-12-15 18:52
把文件格式弄完整，不要随便贴，#行要贴完整，还有电荷、自旋多重度。

是这里面的文件嘛

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-15 22:29

Novice 发表于 2020-12-15 19:45
提供给你个坐标，你试试

Y -1.81439366912042 0.47469676144632 -0.64218157198045

好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没有程序

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-15 22:39
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-15 22:57 编辑

z472673893 发表于 2020-12-15 22:29
好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没 ...

还没入门，输入文件错误一堆。建议先别折腾XTB了。

（1）你在#11楼贴的输入文件与输出文件不对应，明显里面#行内容长得不一样。或许你是用GaussView生成的输入文件，你忘记保存修改后的输入文件了。不要用GaussView里的关键词，自己直接手写关键词。gjf就是个文本文件，直接用文本编辑器（记事本、写字板、UltraEdit等）打开即可。

（2）自定义基组、赝势不对，仔细、反复阅读sob老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

（3）不懂用什么基组的话看
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-16 02:27
此文明确说了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面角的，但优化联苯所用的初始结构如果是纯平面的，则优化过程就会一直保持平面状态，最终也得到平面构型，显然会发现有对应于两个平面彼此间扭转的虚频。碰到这种情况，最佳的解决方法是在gview观看振动模式的界面中选中虚频模式，选上Manual Displacement并拉动滑条来沿着虚频模式略微调整结构，然后点save structure得到新的结构，再拿这个新结构保存新的输入文件，重新优化和做振动分析后通常就已经没虚频了。有时候对于大体系，也可能因为某些局部区域的初始对称性太高，一直维持到最后而出现虚频，这时候也应按照虚频调节结构。

盲目用tight、calcfc等显然毫无意义

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-16 10:33

z472673893 发表于 2020-12-15 22:29
好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没 ...

自行找linux的入门资料看看。做计算不会linux，光用windows的话，业内永远觉得你是门外汉。

作者
Author: Novice 时间: 2020-12-16 16:02

wzkchem5 发表于 2020-12-15 20:21
我是说Y-O-C是弯的，不是说Y是突出的。
建议找个教材自学金属有机化学再来做计算吧，这种分子的结构都是 ...

他这个结构挺有意思的，我试着用B3LYP/（6-31g**+SDD)、PBE0和MN15L优化了一下，发现最终结构都是向着图中C-O-Y成一直线的平面三角形跑去。更有意思的是，xtb的gfn2优化能给出我前面贴的那个非直线三角锥坐标，但是对过渡金属配合物可能效果还好点的gfn1优化却不收敛出错！感兴趣可以试试。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-16 16:21

Novice 发表于 2020-12-16 16:02
他这个结构挺有意思的，我试着用B3LYP/（6-31g**+SDD)、PBE0和MN15L优化了一下，发现最终结构都是向着图 ...

你能重复出来他的虚频吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-16 16:30

wzkchem5 发表于 2020-12-16 16:21
你能重复出来他的虚频吗？

题主写的基组和赝势不对，例如一些H原子连基函数都是0个，结果不可信

不能与之对比

作者
Author: Novice 时间: 2020-12-16 16:48
本帖最后由 Novice 于 2020-12-16 16:54 编辑

wzkchem5 发表于 2020-12-16 16:21
你能重复出来他的虚频吗？

哈哈，你说完我还专门去算了下频率，只有一个虚频（在-25左右），是沿着一个甲基转动的方向的。我觉得他这个结构很可能是势能面太平缓，需要减小步长。当然我没做过配合物，对Y也不熟悉，不清楚这个结构本身是不是化学稳定或者合理的。
楼上说的我也注意到了，我算的时候改成正确的输入了。

作者
Author: paramecium86 时间: 2020-12-16 17:01
主要问题还是在H的基组没定义。我试了试改了之后直接算还是会有虚频。破坏一点对称性加上calcall就可以解决了。

作者
Author: Novice 时间: 2020-12-16 17:09

paramecium86 发表于 2020-12-16 17:01
主要问题还是在H的基组没定义。我试了试改了之后直接算还是会有虚频。破坏一点对称性加上calcall就可以解 ...

你这个最后一步的频率计算位移提示还是很大，倒是没有虚频了，肯定是势能面十分平缓导致的。哈哈，这个结构还是有点意思的。一眼看过去感觉是不太合理。

作者
Author: paramecium86 时间: 2020-12-16 17:33

Novice 发表于 2020-12-16 17:09
你这个最后一步的频率计算位移提示还是很大，倒是没有虚频了，肯定是势能面十分平缓导致的。哈哈，这个结 ...

嗯是的。不过还是怀疑这个基组不太行。我试了试用我们组以前算这个族的金属有机物比较常用6-311G** /SDD 搭配去算。加上calcall，收敛也正常了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-16 18:24

zjxitcc 发表于 2020-12-16 16:30
题主写的基组和赝势不对，例如一些H原子连基函数都是0个，结果不可信不能与之对比

好吧，原来问题在这里。。。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-17 08:30
抱歉啊楼主，我之前说Y-O-C应该是弯的，是从你算出来有一大堆虚频反推出真实结构应该比你优化的结构的对称性低，属于事后诸葛亮。。。我昨天用更高精度的计算（Y用triple zeta，用ZORA描述相对论效应）验证了，确实基本是直的，Y-O-C键角174度。事后推测可能是和O 2p到Y 4d的pi键有关。没想到你算出来虚频另有原因，结果我鲁莽地从虚频得到你结构不合理的错误结论，是我不对。

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-17 10:27

wzkchem5 发表于 2020-12-17 08:30
抱歉啊楼主，我之前说Y-O-C应该是弯的，是从你算出来有一大堆虚频反推出真实结构应该比你优化的结构的对称 ...

哈哈，谢谢大家帮助，我主要是做实验的，这几天忙着做实验，然后也是想自己学一下Gaussian，不过还是自己太粗心了，重复了十几次，都没注意没标定H，，一直以为Gaussian很简单，还是要好好学哈哈

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-17 10:28

sobereva 发表于 2020-12-16 02:27
此文明确说了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（h ...

谢谢Sob老师，找到问题关键了。

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-17 10:28

zjxitcc 发表于 2020-12-16 16:30
题主写的基组和赝势不对，例如一些H原子连基函数都是0个，结果不可信不能与之对比

终于找到问题关键了，，

作者
Author: z472673893 时间: 2020-12-17 10:29

paramecium86 发表于 2020-12-16 17:01
主要问题还是在H的基组没定义。我试了试改了之后直接算还是会有虚频。破坏一点对称性加上calcall就可以解 ...

谢谢帮助

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)