计算化学公社

标题: 求助：npt下将固体freeze后还会动 [打印本页]

作者
Author: haichang 时间: 2020-12-15 20:37
标题: 求助：npt下将固体freeze后还会动
在npt系综下，将固体的三个方向都freeze，各向异性压力耦合，盒子伸缩只在z方向进行。我发现随着盒子的上下伸缩，固体基板也会跟着上下移动。我看手册说freeze后位置不再更新，为什么还会动啊？最后得到的gro文件发现坐标也发生了变化。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-16 02:15
如果你确信设置正确了，说明NPT时根据盒子比例对freeze的坐标进行了相应的scaling

作者
Author: haichang 时间: 2020-12-16 09:03

sobereva 发表于 2020-12-16 02:15
如果你确信设置正确了，说明NPT时根据盒子比例对freeze的坐标进行了相应的scaling

谢谢sob老师的回复，refcoord_scaling无论设为com,all还是no，我发现固体冻结后依然上下波动，图中是我的mdp设置。

作者
Author: 466468213 时间: 2021-1-14 22:30

haichang 发表于 2020-12-16 09:03
谢谢sob老师的回复，refcoord_scaling无论设为com,all还是no，我发现固体冻结后依然上下波动，图中是我的 ...

遇到了同样的问题，请问最后问题解决了吗

作者
Author: haichang 时间: 2021-2-20 17:21

466468213 发表于 2021-1-14 22:30
遇到了同样的问题，请问最后问题解决了吗

没有解决，只要盒子波动，固体板就随着上下波动

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-2-21 09:02

haichang 发表于 2021-2-20 17:21
没有解决，只要盒子波动，固体板就随着上下波动

1、输出固体版的坐标，看看坐标是不是在波动?
2、你用的啥gmx版本？换个版本看看？

作者
Author: haichang 时间: 2021-2-21 12:01

bobosiji 发表于 2021-2-21 09:02
1、输出固体版的坐标，看看坐标是不是在波动?
2、你用的啥gmx版本？换个版本看看？

我检查过坐标，确实有变化，版本是2019.6，听说这个版本比较稳定

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 02:25
PR压浴下盒子尺寸变化会导致被freeze组的坐标也相应变化，berendsen压浴下被freeze组的坐标会保持严格不变

作者
Author: haichang 时间: 2021-3-3 15:55

sobereva 发表于 2021-3-2 02:25
PR压浴下盒子尺寸变化会导致被freeze组的坐标也相应变化，berendsen压浴下被freeze组的坐标会保持严格不变

谢谢sob老师

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