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标题: 求助：小分子—膜体系，如何用position/distance restraint限制小分子 [打印本页]

作者
Author: byqyb 时间: 2020-12-16 10:52
标题: 求助：小分子—膜体系，如何用position/distance restraint限制小分子
本帖最后由 byqyb 于 2020-12-16 14:46 编辑

老师您好，我目前在做小分子和膜体系的MD，初始状态是小分子在膜表面，经过模拟之后小分子会跑到膜的中间tail部分。我想要体系在MD过程中保持小分子在膜表面的位置。

尝试了position restraint ，结果小分子还是会到tail的部分，restranit参数设置如下

gmx_genrestr生成porse_bbp.itp

[position_restraints ]

; i funct fcx fcy fcz

1 1 1000 1000 1000

2 1 1000 1000 1000

3 1 1000 1000 1000

最小化和平衡模拟的.mdp文件添加了define -DPOSRES ; position restrain the BBP，但最终模拟的.mdp文件未添加，不知是否是这个问题？还是我添加的define不对？

另外，我不知道是否应该用distance restraint更为合适？即限制小分子质心在Z方向到膜质心的距离> 1/2 lipid thickness

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-17 10:19
看清楚板块再发贴，学术求助帖不得发到“资源分享”子版块，这次给你移动了，下次直接删帖处理

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-17 10:22
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句，就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是发现没起到效果，大概率是没include到正确的位置
没必要距离限制

作者
Author: byqyb 时间: 2020-12-17 12:02

sobereva 发表于 2020-12-17 10:22
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句，就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: byqyb 时间: 2020-12-17 14:10

sobereva 发表于 2020-12-17 10:22
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句，就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是 ...

老师，我include的位置是这样的
#include "toppar/BBP.itp"

; BBP position restraints
#ifdef POSRES
#include "toppar/posre_bbp.itp"
#endif
您说的预处理语句是指 ; BBP position restraints吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 05:52

byqyb 发表于 2020-12-17 14:10
老师，我include的位置是这样的
#include "toppar/BBP.itp"

#ifdef POSRES这种#打头的叫预处理语句
ifdef代表if defined，当前define = -DPOSRES才会令#include "toppar/posre_bbp.itp"生效

作者
Author: byqyb 时间: 2020-12-18 22:14

sobereva 发表于 2020-12-18 05:52
#ifdef POSRES这种#打头的叫预处理语句
ifdef代表if defined，当前define = -DPOSRES才会令#include "to ...

嗯嗯好的，谢谢老师。我加限制之后最小化和平衡都能正常跑，但成品MD提示如果要position restraint，建议将压力耦合方法换成berendsen，否则会导致震荡

但是换成berendsen之后，又出现下面这个warning：

想问一下sob老师，我应该直接用Parrinllo-Rahman的方法，忽略掉instabilities吗？还是应该怎么处理呢？我的体系一共73035个原子，是想md之后，做一下拉伸分子动力学。非常感谢老师帮我解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 20:42

byqyb 发表于 2020-12-18 22:14
嗯嗯好的，谢谢老师。我加限制之后最小化和平衡都能正常跑，但成品MD提示如果要position restraint，建议 ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: byqyb 时间: 2021-1-4 16:25

sobereva 发表于 2021-1-2 20:42
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还 ...

好的，谢谢sob老师提醒。就该问题重新编辑：
加限制之后最小化和平衡都能正常跑，但成品MD时提示：如果要position restraint，建议将压力耦合方法换成berendsen，否则会导致震荡
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
但是换成berendsen之后，又出现warning：Using Berendsen pressure coupling invalidates the true ensemble for the thermostat

想问一下老师，这里压力耦合方法应如何选择？应该直接用Parrinllo-Rahman的方法，忽略掉instabilities吗？我两种方法都试了一下，发现Berendsen方法下收敛的要更好一些。我的体系一共73035个原子，是想md之后，做一下拉伸分子动力学。问了导师，她说两种方法都可以，但还是想请教一下这里pcoupl方法对模拟有什么影响。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 13:13

byqyb 发表于 2021-1-4 16:25
好的，谢谢sob老师提醒。就该问题重新编辑：
加限制之后最小化和平衡都能正常跑，但成品MD时提示：如果 ...

不用管那个warning，一直都用Berendsen没问题，如果有审稿人说三道四到时候你就说PR压浴不稳定

作者
Author: byqyb 时间: 2021-1-5 21:41

sobereva 发表于 2021-1-5 13:13
不用管那个warning，一直都用Berendsen没问题，如果有审稿人说三道四到时候你就说PR压浴不稳定

好的好的，多谢老师的解答

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)