计算化学公社

标题: 为什么蛋白质封端后的多肽研究结果也可以说明问题 [打印本页]

作者
Author: 18258036115 时间: 2020-12-17 16:47
标题: 为什么蛋白质封端后的多肽研究结果也可以说明问题
本人现研究一蛋白质，其中一部分α螺旋的变化很明显，发现很多文章都采用截取一个完整的蛋白片段研究，但是，蛋白质本身是一个整体，一个片段截取出来以后计算的结果真的可以代表原先没截取时的结果吗？蛋白质的封端是否可以达到使这个片段拥有与原先蛋白一样的环境。同时，本人发现，蛋白质片段的构象变化明显在截取后变得不稳定，原本的完整蛋白在水中的阿尔法螺旋不会解开，但是截取片段后明显很容易就会解开，虽然也有保持一段时间的螺旋状态，但感觉明显不一样了，所以真诚的请教各路大神，对封端后研究片段持一个怎么样的看法，虚心求教！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-18 06:28
这要看具体研究什么问题
如果在没有前提条件下，截取出alpha螺旋部分，跑MD，专门研究这部分的构象，那肯定是不合适的
如果是做其它类型问题研究，比如量化研究alpha螺旋上某个残基与小分子作用什么的，那不会因为截取造成什么问题。

作者
Author: 谭谭野野 时间: 2022-3-23 20:48
请问作者没有蛋白质封端相应的教程可以拜读的，谢谢

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-3-23 22:49

谭谭野野发表于 2022-3-23 20:48
请问作者没有蛋白质封端相应的教程可以拜读的，谢谢

sob"要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题"http://sobereva.com/597

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