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标题: （已解决）求助：ORCA在超算安装完成后，只能在命令行界面运行而无法提交运行 [打印本页]

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 16:54
标题: （已解决）求助：ORCA在超算安装完成后，只能在命令行界面运行而无法提交运行
本帖最后由北大-陶豫于 2021-1-11 10:54 编辑

如题，我在北京大学的教学二号服务器上安装好了 openmpi-3.1.4 和 orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314，都是从 http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html 下载来的。
然后我按照 http://sobereva.com/451 说的方法安装完成了，然后在命令行中敲：

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

输入文件 test.inp 内容如下：

! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1
C                0.00000000 0.00000000 -0.56221066
H                0.00000000 -0.92444767 -1.10110537
H                -0.00000000 0.92444767 -1.10110537
O                0.00000000 0.00000000 0.69618930
*

计算可以正常结束。但如果我用脚本提交：

#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -c 4
#SBATCH -J test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

则无法正常结束。文件末尾出错提示如下：

                     ****************************
                     * Single Point Calculation *
                     ****************************

---------------------------------
CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
---------------------------------
  C    0.000000 0.000000 -0.562211
  H    0.000000 -0.924448 -1.101105
  H    -0.000000 0.924448 -1.101105
  O    0.000000 0.000000 0.696189

----------------------------
CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
----------------------------
  NO LB    ZA FRAG    MASS       X          Y          Z
0 C    6.0000 0 12.011 0.000000 0.000000 -1.062424
1 H    1.0000 0    1.008 0.000000 -1.746953 -2.080788
2 H    1.0000 0    1.008 -0.000000 1.746953 -2.080788
3 O    8.0000 0 15.999 0.000000 0.000000 1.315607

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.int.tmp /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

我的 .bashrc 文件内容如下：

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
      . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=

# User specific aliases and functions

module use ~/.modulefiles
#module add intel/2017.1
#module load anaconda/3.5.1
module load gaussian09

export PATH="/nfs-share/home/MyStudID/FreqScript:$PATH"

# ORCA-related terms must appear AFTER gaussian-related terms and I don't know why. See: http://bbs.keinsci.com/thread-20822-1-1.html
# openmpi
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/lib
# ORCA
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
alias orca=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca

.bashrc 中 ORCA、openmpi 相关的内容我都试过路径加到 $PATH 前面、后面两种写法，但似乎全部不管用。
其它可能有用的信息：

[MyStudID@login01 ORCA]$ qstat --version
Unknown option: version
Usage:
qstat [-f] [-a|-i|-r] [-n [-1]] [-G|-M] [-u *user_list*] [-? | --help]
[--man] [*job_id*...]

qstat -Q [-f]

qstat -q

[MyStudID@login01 ORCA]$ which mpiexec
/usr/bin/mpiexec
[MyStudID@login01 ORCA]$ which mpirun
~/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin/mpirun
[MyStudID@login01 ORCA]$

请问应该如何解决，谢谢！

作者
Author: plus 时间: 2020-12-17 17:00
本帖最后由 plus 于 2020-12-17 17:02 编辑

试试2.1.6版本

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 17:03

plus 发表于 2020-12-17 17:00
试试2.1.6版本

请问是指 openmpi 的版本吗

作者
Author: plus 时间: 2020-12-17 17:05

北大-陶豫发表于 2020-12-17 17:03
请问是指 openmpi 的版本吗

openmpi+orca对应的版本

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 17:09

plus 发表于 2020-12-17 17:05
openmpi+orca对应的版本

我在 http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html 给的链接看了一下，
ORCA 4.0.1 对应的 openmpi 版本是 2.0.2，ORCA 4.1 对应的 openmpi 版本是 3.1.3，请问 2.1.6 版本是怎么回事啊

作者
Author: abin 时间: 2020-12-17 17:09
把相关设定写在pbs中。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 17:22

abin 发表于 2020-12-17 17:09
把相关设定写在pbs中。

没太明白您说的 pbs 是指什么。
我们系统上提交都用 sbatch 命令。例如：
sbatch submit.sh

我已经把 submit.sh 的内容贴在了一楼。
我刚刚试了一下，写了个 test.pbs，内容如下：

#!/usr/bin/env bash
#PBS -N test
#PBS -o test.out
#PBS -e test.err
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -r y

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

结果：

[MyStudID@login01 ORCA]$ qsub test.pbs
There was an error running the Slurm sbatch command.
The command was:
'/usr/bin/sbatch -e test.pbs.e%A -o test.pbs.o%A test.pbs 2>&1'
and the output was:
'sbatch: error: Batch job submission failed: No partition specified or system default partition
'

作者
Author: abin 时间: 2020-12-17 18:25
把相关设定写在脚本里面。

无论是，slurm，openpbs，以及IBM的lsf，
基本的逻辑不都是一个吗？
对于普通用户而言，这玩意不就是PBS吗？

就如同街上那么多车，各种品牌，各种类型，
在某种意义上说，不都是车吗？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 18:41
本帖最后由北大-陶豫于 2020-12-17 18:48 编辑

abin 发表于 2020-12-17 18:25
把相关设定写在脚本里面。

无论是，slurm，openpbs，以及IBM的lsf，

不好意思，我还没明白，相关设定是指哪些？是 $PATH 那些吗

作者
Author: abin 时间: 2020-12-17 19:04
本帖最后由 abin 于 2020-12-17 19:09 编辑

北大-陶豫发表于 2020-12-17 18:41
不好意思，我还没明白，相关设定是指哪些？是 $PATH 那些吗

Anything that can enable the APP for you.

In most cases, slurm / openpbs will not load any configurations from user's bashrc file.

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-17 21:03

abin 发表于 2020-12-17 19:04
Anything that can enable the APP for you.

In most cases, slurm / openpbs will not load any conf ...

#!/usr/bin/env bash
谢谢，我把 submit.sh 的内容改成了以下内容，但似乎仍然出现一样的错误：

#SBATCH -c 4
#SBATCH -J test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

#source ~/.bashrc

# openmpi
export PATH=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# ORCA
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
alias orca=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca

# execute
/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

作者
Author: abin 时间: 2020-12-17 22:58

北大-陶豫发表于 2020-12-17 21:03
#!/usr/bin/env bash
谢谢，我把 submit.sh 的内容改成了以下内容，但似乎仍然出现一样的错误：

orca部分设定是错误的。

参考orca manuals修改吧。
手册中未提及的内容，
不要自己额外设定。

你们管理员给的示例脚本似乎都抄错了。

作者
Author: hanshan 时间: 2020-12-19 16:21
同一个版本的orca对应几种版本的openmpi

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-20 09:53
我已经找我助教帮忙看了，他也觉得挺头大的，就不麻烦大家啦，谢谢！

作者
Author: Freeman 时间: 2021-1-10 23:47
这个貌似不是ORCA和mpi的问题，而是slurm脚本的问题。你把#SBATCH -c 4改成#SBATCH --ntasks=4试试看？

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