计算化学公社

标题: 试着写个批量提取Gaussian计算结果的脚本 [打印本页]

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作者
Author: biancheng159    时间: 2015-11-11 22:13
标题: 试着写个批量提取Gaussian计算结果的脚本


有时候，我们需要执行大批量的优化或单点运算，借助Sob老师的一个批量执行gjf计算的脚本我们可以“一键”完成，但是结果提取则颇为费劲。于是我做了如下尝试，纯属抛砖，但是旨在分享观点，学习交流。
1. 如果各模型中原子数一样(假设为36)，则用如下脚本可实现。

1. #!/bin/bash
   
2. for m in *.out
   
3. do
   
4. echo searching ${m} ...
   
5. name=${m%.*}
   
6. grep -w -B36 'Sum of Mulliken charges' ${m} | tail -n -36 | > ${name}.txt
   
7. echo ${m} completed
   
8. echo
   
9. done

复制代码

由于结果文件中'Sum of Mulliken charges'出现多次(其实俺并未搞清楚其区别)，这里提取最后一个。
外延：若想提取单点能、热力学数据，则可分别将'Sum of Mulliken charges'改为'SCF Done', 'Thermochemistry'关键词，同时调整-B36和36为合适数字。

2. 如果各模型中原子数不一样，则要添加一条判断原子数的语句。我试着写了个这
#!/bin/bash
for m in *.out
   do
     echo extracting from ${m} ...
     NATOM=`grep "NAtoms=" ${m} | tail -n 1 | awk '{print $2}' `
     sed -n '/Mulliken charges:/,/Sum of Mulliken charges/p' ${m} | tail -n -$(( $NATOM + 1 )) > ${m%.*}.txt
     sed -i '$d' ${m%.*}.txt     
   done
echo Job done!
echo
显然不够精炼，有心人可将之精简。
有时Gaussian输出的*.log文件中为“Mulliken atomic charges:”。
无意间搜到ChemiAndy前辈在某坛上发过类似脚本，如有雷同，还请海涵——重在交流嘛。

3. 在win下，可以考虑将如上所得成列的txt文本批量转为excel可读的*.csv文件，如下脚本可行，

1. <p>@echo off
   
2. for /f "delims=" %%a in ('dir /b *.txt') do (
   
3. (for /f "usebackq tokens=1-3" %%i in ("%%a") do (
   
4.         echo %%i,%%j
   
5.     ))>"%%~na.csv"
   
6. )</p>

复制代码

其中tokens=1-3的1-3可根据具体情况自定义。
--------------2015.11.15修改----------------------------------

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作者
Author: lsbp010    时间: 2015-11-12 09:27
赞一个！学习学习！

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作者
Author: kevin    时间: 2016-5-15 14:49
感谢楼主分享，我尝试了将第一个代码写成bat文件，在dos下运行，
但是提示我“#”不是内部或外部命令，也不是运行程序或批处理文件，此时不应有m
然后我把第一行的#!/bin/bash删除了，继续运行，提示我此时不应有m。
请问这是怎么回事？谢谢楼主！

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作者
Author: biancheng159    时间: 2016-5-16 16:33

kevin 发表于 2016-5-15 14:49
感谢楼主分享，我尝试了将第一个代码写成bat文件，在dos下运行，
但是提示我“#”不是内部或外部命令，也 ...

bat的格式与shell格式大有不同，bat下脚本类似如下格式(需要sed.exe等)：
@echo off
for /f "delims=" %%i in ('dir /b *.log') do (
       sed -n "/^[ ]*1/d;/Mulliken atomic charges:/,/Sum of Mulliken atomic charges/p" %%i > %%~ni.txt
)

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作者
Author: 圣人惠    时间: 2017-9-8 22:22
楼主您好，如果想用脚本把输出文件中的能量最低的坐标提取出来，然后弄成.gjf，应该怎么做呢，可不可以给些提示

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作者
Author: yaoshi1206    时间: 2024-9-21 11:07
用了楼主脚本没有提取出能量，在楼主基础上改了以下，直接在终端输出批量提取出来的能量

1. #!/bin/bash
   
2. for m in *.log
   
3. do
   
4. str1=$(grep 'SCF Done' ${m})
   
5. echo ${m} ${str1}
   
6. done

复制代码

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