计算化学公社

标题: GTX980在ACEMD动力学程序上的表现 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-7 04:54
标题: GTX980在ACEMD动力学程序上的表现
引自http://www.acellera.com/maxwell-gtx980-molecular-dynamics-gm204-gpu/

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基本上和硬件网站上的GTX980的游戏测试结果差不多，比GTX780Ti强一点点，功耗却降低了100W。
GTX980比较有竞争力，价钱公道。
不过，Amber虽然宣称支持了GTX970/980，但是还没有根据Maxwell架构做充分优化，据悉目前GTX980在amber上的性能和GTX780差不多（http://ambermd.org/gpus/）。

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2014-11-15 11:12
了解。不过我觉得功耗主要是对个人有用吧，对于一个实验室来说没什么意义我觉得。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-15 11:17

ChaosChiao 发表于 2014-11-15 11:12
了解。不过我觉得功耗主要是对个人有用吧，对于一个实验室来说没什么意义我觉得。

实验室是不关注，不过架构和工艺的改良降低功耗和排热，不仅是对个人，对于超算中心来说，意义也重大。100W就相当于普通机子待机功耗了

作者
Author: psfan 时间: 2014-11-25 09:18

sobereva 发表于 2014-11-15 11:17
实验室是不关注，不过架构和工艺的改良降低功耗和排热，不仅是对个人，对于超算中心来说，意义也重大。 ...

听nVidia工程师介绍产品的时候说，K20、K40级别的做双精度浮点运算准确度高，GTX系列桌面卡单精度还可以，双精度有一定几率出错。

作者
Author: kunkun 时间: 2015-4-8 01:14
刚才了解了下ACEMD，速度看起来很快…小小兴奋了下，但是谷歌搜了下貌似没有几片生物体系方面的应用啊…为何呢…
一开始还以为是这几年新的软件，结果已经是5年前的事情了…

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-8 01:34

kunkun 发表于 2015-4-8 01:14
刚才了解了下ACEMD，速度看起来很快…小小兴奋了下，但是谷歌搜了下貌似没有几片生物体系方面的应用啊…为 ...

收费，而且虽然快，但是功能太烂。
gmx又免费又快，大家也熟悉，所以能有几个人愿意用ACEMD...

作者
Author: kunkun 时间: 2015-4-8 19:49

sobereva 发表于 2015-4-8 01:34
收费，而且虽然快，但是功能太烂。
gmx又免费又快，大家也熟悉，所以能有几个人愿意用ACEMD...

从它的官方介绍来看好像比gmx还要快的多...哈哈等下周新机子来了测试一下

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-9 13:58

kunkun 发表于 2015-4-8 19:49
从它的官方介绍来看好像比gmx还要快的多...哈哈等下周新机子来了测试一下

应该如此。此程序从设计之初就为了GPU运算而写的。如果再比gmx慢，作为免费的也没人用。

作者
Author: kunkun 时间: 2015-4-10 00:19

sobereva 发表于 2015-4-9 13:58
应该如此。此程序从设计之初就为了GPU运算而写的。如果再比gmx慢，作为免费的也没人用。

貌似现在单GPU版本已经免费啦，仅仅做点简单的蛋白体系模拟应该还是可以的吧！我看官网上有人用ACEMD发表了小分子抑制剂和酶蛋白相互作用的文章，500多条500ns的轨迹。。吓人。。。只是不清楚他的精确度如何。。步长4fs。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-10 02:30

kunkun 发表于 2015-4-10 00:19
貌似现在单GPU版本已经免费啦，仅仅做点简单的蛋白体系模拟应该还是可以的吧！我看官网上有人用ACEMD发表 ...

这种文章往往就是用来晒数据的，加了特技的。实际一用肯定会发现根本没那么好用

作者
Author: kunkun 时间: 2015-4-11 10:27

sobereva 发表于 2015-4-10 02:30
这种文章往往就是用来晒数据的，加了特技的。实际一用肯定会发现根本没那么好用

哈哈哈哈！duang！还是乖乖继续用gmx好了

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