计算化学公社

标题: 关于[atomtypes]各列内容的定义次序疑问 [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2020-12-19 10:22
标题: 关于[atomtypes]各列内容的定义次序疑问
在oplsaa力场中，[atomtypes]中各列的次序是name、bond_type、atnum、mass、charge、ptype、sigma、epsilon，
(, 下载次数 Times of downloads: 36)

在amber99力场中，次序是name、atnum、mass、charge、ptype、sigma、epsilon，
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

而gaff力场中(通过acpype生成参数)，次序是name、bond_type、mass、charge、ptype、sigma、epsilon，
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

可见后面五列的内容和次序都是完全一致的，区别在前三列，有的没有原子序数列，有的没有键类型列。请教Gromacs在读取这些信息的时候是怎么判别每一列内容的？比如第二列，有可能出现的是bond_type或者atnum。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-12-19 11:43
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-12-19 11:44 编辑

判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序号和键类型都没有；否则如果第二列是字符串(非数字)，则断定有键类型，没有原子序号，如果是数字，则断定没有键类型，有原子序号。
注意我说的上面每个分号是一类，互斥。

作者
Author: jimulation 时间: 2020-12-19 11:53

liuyuje714 发表于 2020-12-19 11:43
判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序 ...

明白了，感谢感谢

作者
Author: JCenter 时间: 2024-7-10 16:38

liuyuje714 发表于 2020-12-19 11:43
判断依据是，如果第六列是单字符(比如opls)，则断定有原子序号和键类型；否则如果第四列为单字符，则原子序 ...

您好，我想请教下，at.num或bond_type具有的作用是什么，二者留哪一个都可以吧

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-9-6 17:39

JCenter 发表于 2024-7-10 16:38
您好，我想请教下，at.num或bond_type具有的作用是什么，二者留哪一个都可以吧

您好我想请问一下为什么我在我的gromacs里面的oplsaa力场里面找不到atomtypes这个信息，他只有分子种类

作者
Author: JCenter 时间: 2024-9-9 15:36

科研小白0126 发表于 2024-9-6 17:39
您好我想请问一下为什么我在我的gromacs里面的oplsaa力场里面找不到atomtypes这个信息，他只有分子种类

哪里没有，你确定你认真找了吗。/share/gromacs/top/oplsaa.ff目录下的ffnonbonded.itp拓扑文件写的明明白白。

作者
Author: 科研小白0126 时间: 2024-9-12 16:41

JCenter 发表于 2024-9-9 15:36
哪里没有，你确定你认真找了吗。/share/gromacs/top/oplsaa.ff目录下的ffnonbonded.itp拓扑文件写的明明 ...

谢谢是我粗心了，确实在这里。感谢解惑

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)