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标题: 进行grompp时警告，不知道是否忽视+mdrun时怎么能跑满20线程 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-12-19 15:28
标题: 进行grompp时警告，不知道是否忽视+mdrun时怎么能跑满20线程
本帖最后由 karme 于 2020-12-19 15:33 编辑

1.进行grompp生成itp文件时，会发出warning，内容如下：
#Too few parameters on line (source file /home/lyc/gromacs/gromacs-2020.4/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp, line 1039)。
这文件是gromacs解压后的文件，与gromacs执行文件不是同一个，甚至不在gromacs的执行文件夹下，为什么会warning呢？

我去找了下该文件，1039行，希望大家可以给我分析一下!

2.grompp时也会给我这个warning，关于质心移动的伪影问题，我是不是也应该忽视？
Removing center of mass motion in the presence of position restraints might cause artifacts. When you are using position restraints to equilibrate a macro-molecule, the artifacts are usually negligible.

3.在进行mdrun(PC,非服务器)时，我用了cuda，gpu，mdrun程序只调用了我10个线程（我一共有20线程），请问怎么才能跑满20线程且速度提升，因为我试了一下mdrun -nt 20 ，发现速度基本没有什么提升，是不是我输入命令错了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-20 00:57
2 如果你明确知道你在做什么，就不用管

3 GPU加速时CPU能干的事本来就少，尤其是如今的版本把倒易空间计算部分安排给了GPU
如果CPU核非常多，要求倒易空间部分划给CPU来做有可能性能倒更高，看DOI: 10.1002/jcc.26011的图8的实线和虚线对比

作者
Author: karme 时间: 2020-12-20 12:24

sobereva 发表于 2020-12-20 00:57
2 如果你明确知道你在做什么，就不用管

3 GPU加速时CPU能干的事本来就少，尤其是如今的版本把倒易空间计 ...

谢谢老师指导

作者
Author: UTM 时间: 2022-4-21 09:08
请问toppush.cpp这个文件是在哪找到的？提示信息里给的路径根本不存在啊

作者
Author: jim 时间: 2024-1-4 11:35

UTM 发表于 2022-4-21 09:08
请问toppush.cpp这个文件是在哪找到的？提示信息里给的路径根本不存在啊

在gromacs里面有，toppush.cpp,  line 1039上下几行信息应该为：
if (nread < nral_fmt)
{
      too_few(wi);
      return;
}
只是不知道这个too few指代的什么？是只itp文件中[ atomtypes ]中的charge为0？还是其他信息，不得而知。

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