计算化学公社

标题: 求助，cro文件中参数的含义 [打印本页]

作者
Author: 万年流星 时间: 2020-12-20 15:46
标题: 求助，cro文件中参数的含义
使用AMBER获得cro文件，想请教下cro文件中键角下面对应的第二列和第三列分别是哪个角度，如69.5和119.9代表了什么？如何获得这两个角度呐？
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-21 00:04
没听说过cro文件，怎么来的？

作者
Author: 万年流星 时间: 2020-12-21 08:37

sobereva 发表于 2020-12-21 00:04
没听说过cro文件，怎么来的？

使用amber做非标准残基时，使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y，输出cro文件
和parmchk2 -i XXX.mol2 -f mol2 -o XXX.frcmod输出的frcmod文件一样，定义了键角等参数。
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-21 13:52

万年流星发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时，使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y，输出cro文件
和parmc ...

不要用一些不符合习俗的后缀，否则会引起误会
看http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

作者
Author: 万年流星 时间: 2020-12-21 16:32

sobereva 发表于 2020-12-21 13:52
不要用一些不符合习俗的后缀，否则会引起误会
看http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

以后会注意的，那对于没有的角度参数，可以优化结构后，自己计算吗？如果可以，要怎么计算？

作者
Author: 苏玖染 时间: 2020-12-21 16:35

万年流星发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时，使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y，输出cro文件
和parmc ...

cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

第二列和第三列对应键角方程里面的θ和k

在对应力场的.dat里面找

作者
Author: 万年流星 时间: 2020-12-21 17:20

苏玖染发表于 2020-12-21 16:35
cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

感谢师兄

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-22 02:11

万年流星发表于 2020-12-21 16:32
以后会注意的，那对于没有的角度参数，可以优化结构后，自己计算吗？如果可以，要怎么计算？

可以
键角弯曲项可以自己拟合

作者
Author: 万年流星 时间: 2020-12-22 09:08

sobereva 发表于 2020-12-22 02:11
可以
键角弯曲项可以自己拟合

好的，感谢sob老师

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