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标题: 请教mdp里关于Coulomb及vdW的type和modifier选项 [打印本页]

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-21 14:45
标题: 请教mdp里关于Coulomb及vdW的type和modifier选项
本帖最后由 bobosiji 于 2020-12-21 14:59 编辑

以下讨论均基于cutoff-scheme= Verlet（group现在很少用了吧？）

---------Coulombtype; coulomb-modifier---------------

Coulombtype一般选PME，不知道coulomb-modifier要不要指定？若不指定，gmx默认是Potential-shift-Verlet (cutoff-scheme= Verlet时，等价于Potential-shift)。

但原则上，PME可精确计算静电作用，这里是不是选coulomb-modifier = none更为合理？

---------（Vdwtype；vdw-modifier）-----------------

（Vdwtype；vdw-modifier）的可选组合有

（Cut-off；不指定，此时gmx默认是Potential-shift-Verlet）或（vdw-modifier=Potential-shift-Verlet；Vdwtype不指定，gmx默认是Cut-off）：

此时是用Potential-shift来计算LJ，即将LJ上移一个常数。

（shift；Force-switch）：效果和上面的Potential-shift接近，但速度慢很多。

（switch；Potential-switch）：手册说是switches the potential to zerobetween rvdw-switch and rvdw，还说“this introduces articifically large forces in the switching region”：这一点在数学上应该是可以证明的。但我发现不少文献用这种方法跑模拟，它们原则上都是有问题的吧（虽然由于switching region的LJ力本来就很小，实际上对最终的模拟结果影响不一定明显）？

其他组合（Cut-off；none），（PME；Potential-shift或none或Force/Potential-switch）不知道是否合理？尤其是（Cut-off；none），不知道此时用什么算法来算LJ？

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我还有个猜想是，不管是Coulomb还是vdW，只要用PME算法，后面的-modifier可能是不起作用的，不知道对不对？

多谢各位提点~~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-21 15:23
1 不用。应当此时不起作用

2 vdW一般就用cut-off结合默认的Potential-shift-Verlet即可

3 对，因为本来就不需要

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