计算化学公社

标题: 请教mdp里的refcoord-scaling和continuation [打印本页]

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-21 15:38
标题: 请教mdp里的refcoord-scaling和continuation
本帖最后由 bobosiji 于 2020-12-21 15:52 编辑

Gmx默认refcoord-scaling是no（在barostat压控section），不知道啥时候需要选all或者com？

-------------------------continuation-------------------

continuation手册的解释是（在constraint section）yes：do not applyconstraints to the start configuration and do not reset shells, useful forexact coninuation and reruns；no则反之。不晓得以上具体说的啥过程？或者不用深究，如果是从上一个模拟接着跑，这儿就是yes（此时gen-vel必须是no）；如果不是这儿选no就好了（此时若gen-vel是no，则体系初始温度是0K）？多谢各位提点~~

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-21 21:42
google了下，如果没有position restraints，refcoord-scaling=all， com， none三者差不多。
如果有position restraint, com 比 all跑的模拟更stable？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-22 02:22
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的，决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refcoord-scaling = com，让参考位置的质心平移。一般不建议用refcoord-scaling = all，因为这会让参考坐标根据盒子尺寸按比例缩放，可能导致诸如化学键被限制势拉得比较长或者压得比较短

一般计算不用管continuation

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-22 09:46
多谢提点~那，如果没有position restraints，refcoord-scaling随便写啥都没关系，不影响模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 20:29

bobosiji 发表于 2020-12-22 09:46
多谢提点~那，如果没有position restraints，refcoord-scaling随便写啥都没关系，不影响模拟？

对

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-8-28 09:19

sobereva 发表于 2020-12-22 02:22
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的，决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refco ...

社长好，这里的位置限制不包括freeze吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 16:02

社会主义小战士发表于 2023-8-28 09:19
社长好，这里的位置限制不包括freeze吧？

freeze是另外一回事
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-6 21:33

sobereva 发表于 2020-12-22 02:22
本身refcoord-scaling就是对position restraints而言的，决定盒子改变时参考位置怎么变
比较常用的是refco ...

sob老师，“一般计算不用管continuation”，我在mdp文件里面就不用特意设置yes或no？我的模拟em-npt平衡-production生产，输入命令gmx grompp -f production.mdp -c npt.gro -p system.top -o production.tpr，请问是会默认接着上一个模拟跑吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 03:04

xishaofan 发表于 2024-12-6 21:33
sob老师，“一般计算不用管continuation”，我在mdp文件里面就不用特意设置yes或no？我的模拟em-npt平衡- ...

是

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片里的做法：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-7 09:52

sobereva 发表于 2024-12-7 03:04
是

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片里的做法：

谢谢sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)