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标题: gmx有啥比较推荐的版本或不推荐的版本么？ [打印本页]

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-21 20:14
标题: gmx有啥比较推荐的版本或不推荐的版本么？
本帖最后由 bobosiji 于 2020-12-21 20:16 编辑

先问有没有不推荐的版本；比如，有些版本bug比较多？
然后有比较推荐的版本么(CPU, GPU都请推荐~)？
以前的感觉是4.6.5用的人多。gmx5的文章“GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers”
里的版本是5.0.5。现在gmx201x 2020的各种版本更是眼花缭乱。
另外，gmx的小版本，比如5.0和5.1；2018.4和2018.8的差别应该很小，一般可以忽略的吧？
多谢提点~

作者
Author: h840473807 时间: 2020-12-21 20:56
2018.4 周期扰动法算黏度的代码有bug，用2018.8就没问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-22 02:28
如果因为旧习，习惯用4.x版本，就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了，不要用

gmx 2018.8是个经典版本，没啥明显问题，之后几届北京科音分子动力学与GROMACS培训班我会一直用这个。2018.4最坑的就是周期扰动法那个问题，用2018.4培训的时候有多个学员报告重复不出来我用以前版本跑的结果。

2019讨厌之处是从此去掉了GB模型

2020讨厌之处是对gcc版本要求提升了，导致CentOS 7.x下没法直接编译

如果追求GPU加速性能的话，尽量用最新版本。如果这不是重点，在我来看用2018.8就好，之后的改进都没太大实际意义。

小版本之间的差异你可以看官网上的release note，觉得和自己关系不大就不用管。

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-12-22 09:49

sobereva 发表于 2020-12-22 02:28
如果因为旧习，习惯用4.x版本，就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了，不要用

多谢sob老师提点~您的意思，gmx 5.x还不如4.x版本？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-23 03:33

bobosiji 发表于 2020-12-22 09:49
多谢sob老师提点~您的意思，gmx 5.x还不如4.x版本？

不是
5.x比起4.x，在用法、程序规则上改变巨大，造成老用户不适。有些长者可能就是愿意坚守4.x。

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-22 16:19

sobereva 发表于 2020-12-22 02:28
如果因为旧习，习惯用4.x版本，就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了，不要用

请问老师，那2022和2023版本的呢，有什么大的改进或者bug不建议用的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-23 04:03

qingqingdong 发表于 2023-2-22 16:19
请问老师，那2022和2023版本的呢，有什么大的改进或者bug不建议用的吗

每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么（除了GPU加速效率一直在提升外），反倒一些有用的特性给去掉了
每个大版本编号靠后的修订版都没什么bug。2023太新，目前不建议用

作者
Author: qingqingdong 时间: 2023-2-23 09:08

sobereva 发表于 2023-2-23 04:03
每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么（除了GPU加速效 ...

明白了。谢谢回复！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-2-23 11:06
如果不用炼金术和QM/MM强烈建议2021.6，稳定可靠

作者
Author: ldx022 时间: 2023-10-20 19:16

喵星大佬发表于 2023-2-23 11:06
如果不用炼金术和QM/MM强烈建议2021.6，稳定可靠

请问老师如果就需要炼金术来算FEP呢，哪个版本会快点呢？目前用的2019.6，gpu使用的情况下5w个原子一天只能跑40ns左右

作者
Author: 苏玖染 时间: 2024-3-7 20:20

ldx022 发表于 2023-10-20 19:16
请问老师如果就需要炼金术来算FEP呢，哪个版本会快点呢？目前用的2019.6，gpu使用的情况下5w个原子一天只 ...

你好，我目前也是在用gromacs2019.6计算炼金术自由能，发现更高版本的使用会出现问题，具体在couple-intramol= no时就会发生错误，但是couple-intramol=yes就可以跑

作者
Author: youknowdcf 时间: 2025-1-7 14:59

sobereva 发表于 2023-2-23 04:03
每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么（除了GPU加速效 ...

sob老师，请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢，我现在还在用2019.3，准备购机装一下新的版本了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 03:20

youknowdcf 发表于 2025-1-7 14:59
sob老师，请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢，我现在还在用2019.3，准备购机装一下新的版本了。

2023最后一个版本

作者
Author: 丘山音心 时间: 2025-4-13 17:34
sob老师，请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢？2024.5怎么样呢

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