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标题: 求关于oniom计算IRC的输入文件 [打印本页]

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-12 11:34
标题: 求关于oniom计算IRC的输入文件
附件是我的过渡态的输入文件，但是我不知道算IRC的时候输入文件应该怎么写，按照说明书上提示的关键词编写，一直出现l1错误

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-12 11:36
这个附件是我的IRC的一个输入文件，请大神们指教

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Author: planet5460 时间: 2015-11-12 12:07
本帖最后由 planet5460 于 2015-11-12 12:08 编辑

irc(calcfc,quadmac,forward,stepsize=5,maxpoint=60)=RCFC Freq=SaveNM oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=embedcharge 这个是你的irc里面的keyword，可以改为irc(calcfc,quadmac,forward,stepsize=5,maxpoint=60) oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=embedcharge 或者irc(rcfc,quadmac,forward,stepsize=5,maxpoint=60) oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=embedcharge guess=read，你的L层没指定电荷，电子内嵌没什么意义。而且一般构象用力学内嵌做就可以了，建议去掉embedcharge，另外这里用四阶耦合算法不知道可以不可以，如果报错，可以把quadmac去掉。

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-12 15:49

planet5460 发表于 2015-11-12 12:07
irc(calcfc,quadmac,forward,stepsize=5,maxpoint=60)=RCFC Freq=SaveNM oniom(b3pw91/6-31g(d,p):uff)=emb ...

谢谢您的答复，我计算过渡态的时候不加embedcharge，直接就说101输入文件错误，只有加上才能算出来，请教一下，我这个输入文件需要怎么指定电荷我不知道是不是需要指定电荷，如果要用力学内嵌需要怎么做？谢谢，请原谅我是一个新手，有很多不明白的地方

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-12 16:45
@planet5460 关于计算IRC，我用您提供的信息进行修改计算，出现了几种不同的错误，附件HMimBr-oniom-ts1-4-for5中出现的错误是我选UFF方法不合适吗？您有没有推荐的计算方法？

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Author: sobereva 时间: 2015-11-12 19:25
很明确地说，你这个体系用ONIOM根本没有一丁点意义
就把那么点原子弄成low层用MM描述，计算量根本减少不了多少，还明显额外引入计算误差。而且用了ONIOM还使得高斯支持的很多特性都没法用，或者变得难用。
全都用DFT就完事了。

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Author: planet5460 时间: 2015-11-12 19:32
群主说的是的，你这个分层意义不大，还是再考察下吧，体系也不大

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Author: smutao 时间: 2015-11-12 22:16
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(, 下载次数 Times of downloads: 14)

试试这个吧注意那个chk文件是linux g09的不是windows的

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-13 08:50

planet5460 发表于 2015-11-12 19:32
群主说的是的，你这个分层意义不大，还是再考察下吧，体系也不大

@sobereva @planet5460 我们老师现在让摸索oniom，计算大体系不容易优化，所以先从小体系开始，对于群主说的用DFT方法，我们以前用的一直都是这种方法，现在想开展新的方向，但是我发现自己摸索的好像不正确，比如电子嵌入，我就不知道还需要对L层指定电荷，请教一下我的这个体系需要怎么对L层进行指定电荷？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-13 18:46

那年·时光飞发表于 2015-11-13 08:50
@sobereva @planet5460 我们老师现在让摸索oniom，计算大体系不容易优化，所以先从小体系开始，对于群主 ...

比如先用量化算L层体系，用CHELPG、ADCH等对静电势重现性好的方法计算原子电荷，然后ONIOM计算时对那些部分指定原子电荷（格式在手册里有）
也可以让高斯自动计算电荷，比如你写UFF=QEq，就会在UFF力场计算时用QEq方法自动计算原子电荷，但这算出来的比较糙，对静电势重现性并不理想。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-16 11:13
@sobereva 老师，根据您的提示，我对L层进行chelpg计算电荷，由于我以前只用NBO计算过电荷，没有用过CHELPG,附件有我的输入文件，老师您能不能帮我看看我的输入文件是否正确？我算的结果是602错误，我的输入文件也在附件里了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-16 23:38

那年·时光飞发表于 2015-11-16 11:13
@sobereva 老师，根据您的提示，我对L层进行chelpg计算电荷，由于我以前只用NBO计算过电荷，没有用过CHELPG ...

输入文件本身没错，但是你的体系含Br，CHELPG方法原文里没有定义Br用的半径所以报错。
应当用比如pop(CHELPG,readradii)，然后分子坐标末尾空一行写比如Br 1.8来将Br在拟合时用的半径设为1.8埃。可以写多行定义多个元素。通常可以取稍小于范德华半径的值。

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Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-17 10:13

sobereva 发表于 2015-11-16 23:38
输入文件本身没错，但是你的体系含Br，CHELPG方法原文里没有定义Br用的半径所以报错。
应当用比如pop(CH ...

谢谢sob老师，老师我计算出来了原子电荷，要是对L层进行指定电荷的话，是把我计算出来的所有原子的电荷相加吗？L层是一个中性分子，是把红色部分的数据相加吗？我觉得我的分析是错误的，因为这样相加为0.000001
Charges from ESP fit with hydrogens summed into heavy atoms:
            1
   1  C 0.023155
   2  C 0.149746
   3  C 0.202975
   4  N 0.154022
   5  H 0.000000
   6  H 0.000000
   7  H 0.000000
   8  N 0.105462
   9  C 0.170411
10  H 0.000000
11  H 0.000000
12  H 0.000000
13  Br  -0.805770
14  H 0.000000
-----------------------------------------------------------------

            Electrostatic Properties (Atomic Units)

-----------------------------------------------------------------
Center    Electric       -------- Electric Field --------
            Potential       X          Y          Z
-----------------------------------------------------------------
1 Atom -14.642076
2 Atom -14.637042
3 Atom -14.597615
4 Atom -18.208858
5 Atom    -1.020247
6 Atom    -1.017265
7 Atom    -0.999225
8 Atom -18.201253
9 Atom -14.674222
10 Atom    -1.079198
11 Atom    -1.074639
12 Atom    -1.075863
13 Atom -175.457277
14 Atom    -0.913360
----------------------------------------

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-17 12:14

那年·时光飞发表于 2015-11-17 10:13
谢谢sob老师，老师我计算出来了原子电荷，要是对L层进行指定电荷的话，是把我计算出来的所有原子的电荷相 ...

ONIOM里对L层指定电荷需要指定低水平全部、低水平局部，你单独对L层做量化计算时设的体系电荷只是对应低水平局部电荷。你当前得到的所有原子电荷加和必然是你当前计算时设的体系电荷。
0.000001是因为数值舍入误差。

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-17 17:33
@sobereva 老师，我计算L层的电荷用的b3pw91/6-31g(d,p)的方法计算的，用低水平UFF方法计算出来没有电荷，我对整个体系和L层分别都计算了电荷，附件是用b3pw91/6-31g(d,p)和UFF方法计算的四个输出文件，但是不知道怎么取值，我的L层和H层都是中性分子，它们的电荷都是0，指定电荷就是输入文件
HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91中的0 1 0 1 0 1这吗？这样的话老师您怎么看出来我没有指定电荷的？我是不是该在输入文件坐标下方再添加一些其它的东西？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-18 03:36

那年·时光飞发表于 2015-11-17 17:33
@sobereva 老师，我计算L层的电荷用的b3pw91/6-31g(d,p)的方法计算的，用低水平UFF方法计算出来没有电荷， ...

你的思路还很混乱。
量化计算时，写了pop=chelpg，输出文件里Charges from ESP fit后面的就是当前体系每个原子的CHELPG电荷。
UFF是分子力学计算，你写pop=chelpg完全没有意义。搞明白拟合静电势电荷的原理自然就会明白这点。

都不知道你说的“看出来我没有指定电荷的”是指什么。
分子力学计算的时候，无论是你单独用分子力学计算，还是ONIOM里涉及分子力学计算，你不对原子定义电荷，也不用诸如UFF=QEq来自动对分子力学计算时使用QEq方法算的原子电荷，则分子力学计算时原子电荷就都是0。此时你ONIOM计算的时候就完全表现不出MM区域那部分的原子对QM区域的极化作用。

搞不明白就干脆别用ONIOM
不要高估ONIOM的实际价值

作者
Author: 那年·时光飞 时间: 2015-11-18 17:09

planet5460 发表于 2015-11-12 19:32
群主说的是的，你这个分层意义不大，还是再考察下吧，体系也不大

你好，非常感谢您的回复，您能不能帮我看看我的过渡态的一个输入文件，我不知道该怎么指定电荷，我的L层和H层都是中性的，不带电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-18 23:14

那年·时光飞发表于 2015-11-18 17:09
你好，非常感谢您的回复，您能不能帮我看看我的过渡态的一个输入文件，我不知道该怎么指定电荷，我的L层 ...

格式在手册里都写了，诸如
N-N_R--0.3代表给这个原子电荷设成-0.3
看手册分子力学部分的说明

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