标题: 请问在使用MCPB.py生成frcmod文件时，force constant显示为0该怎么解决？ [打印本页] 作者Author: tokanond 时间: 2020-12-23 04:34 标题: 请问在使用MCPB.py生成frcmod文件时，force constant显示为0该怎么解决？ 大家好，我最近按照Amber的教程在做HEME（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy_heme.htm），我的体系比之教程在Porphyrin ring的Fe上多了一个氧。我按照amber的教程使用Gaussian16跑small模型和large模型，都有正常跑完，并未报错。
可之后检查frcmod文件时却发现，Porphyrin ring上的 FE 和 Cystine上的 S 间的force constant为0。( The average force constant is negative, treat is as 0.0.) 实在不清楚原因。fchk文件太大传不上来，我把Gaussian输入文件添加到附件里了。纯新手，请大家看看我该从哪个方向解决，谢谢~