计算化学公社

标题: 请问无定型的SiO2如何建模？ [打印本页]

作者
Author: hyh10029 时间: 2020-12-23 09:23
标题: 请问无定型的SiO2如何建模？
请问无定型的SiO2应该如何建模？

作者
Author: aaronzjw 时间: 2020-12-23 18:26
1. 跑MD
2. 跑遗传算法，中间得到的结构maybe就是amorphous

作者
Author: hyh10029 时间: 2020-12-24 11:03

aaronzjw 发表于 2020-12-23 18:26
1. 跑MD
2. 跑遗传算法，中间得到的结构maybe就是amorphous

请问是用SiO2的晶体构型跑MD吗

作者
Author: zaqxs234 时间: 2021-2-8 17:12
无定形建模一般都是用AC建立无定形晶胞，至于SiO2的分子数你自己查阅一下文献，合理即可，分子量过大计算量也会成倍增长

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-16 08:31
VMD自带的inorganic builder插件直接就能建无定型二氧化硅

作者
Author: moluren 时间: 2021-12-7 13:15
请问sob老师，我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅，但是用x2top功能联合.n2t文件（从此处获得：http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html）始终无法得到对应的top文件，（尝试了修改.n2t文件中的各种键长以及在不同力场下去获得top文件）但是从MS中导出的晶型二氧化硅文件则可以生成top文件，请问这是何原因呢，以下是.n2t文件和自行建立的无定形二氧化硅的.pdb文件，请sob老师指教，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:49

moluren 发表于 2021-12-7 13:15
请问sob老师，我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅，但是用x2top功能联合.n2t文件（从此处 ...

看gmx x2top的提示，弄清楚是元素没认出来，还是因为键长判据原因没能恰当识别成键之类的

作者
Author: moluren 时间: 2021-12-24 16:26
谢谢社长，已经弄好了，忘记回帖说明了

作者
Author: youknowdcf 时间: 2023-10-11 09:10

moluren 发表于 2021-12-7 13:15
请问sob老师，我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅，但是用x2top功能联合.n2t文件（从此处 ...

你好，请问你是如何建立出的这种无定形二氧化硅片层的，我用inorganic builder建立出来的都是厚厚立方体形状，我想获得的是薄一点的层，是自己删原子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-11 13:12

youknowdcf 发表于 2023-10-11 09:10
你好，请问你是如何建立出的这种无定形二氧化硅片层的，我用inorganic builder建立出来的都是厚厚立方体 ...

直接删原子容易导致原子数比例不符合化学式

一个可行的做法是构造一个较薄的晶态二氧化硅盒子，然后跑高温的分子动力学，之后再降温。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里有CP2K通过GFN1-xTB方法跑动力学以这种方式构造无定型二氧化硅的例子。

作者
Author: youknowdcf 时间: 2023-10-12 20:42

sobereva 发表于 2023-10-11 13:12
直接删原子容易导致原子数比例不符合化学式

一个可行的做法是构造一个较薄的晶态二氧化硅盒子，然后跑 ...

好的社长，我学习一下

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