计算化学公社

标题: pdb2gmx很诡异的问题，各位大佬帮忙看看是不是bug [打印本页]

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 11:20
标题: pdb2gmx很诡异的问题，各位大佬帮忙看看是不是bug
用pdb2gmx 处理一个蛋白，报错 fatal error: Atom OXT in residue GLN457 was not found in rtp enty GLN with 17 atoms while sorting atoms.
GLN457 是这个蛋白的C末端的残基，羧基保留了-COO，我看过所有蛋白C端多余的O的初始命名都是 OXT 都可以识别
最奇怪的是前一天晚上我用pdb2gmx 可以顺利的生成 top文件等但是今天就报这个错很奇怪

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 11:23
这是非标准氨基酸的参数供各位大佬帮忙解答下

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 11:38
蛋白只要把这个非标准氨基酸删了就可以正常生成有它在就不行这是因为啥呀

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-12-23 11:51
你问问题就好好把帖子编辑好，一次性在原贴修改，不要自己在下面无限堆贴，让别人看的很不爽，新手问问题多看看发帖要求。

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 11:52

liuyuje714 发表于 2020-12-23 11:51
你问问题就好好把帖子编辑好，一次性在原贴修改，不要自己在下面无限堆贴，让别人看的很不爽，新手问问题多 ...

好的谢谢您我改正

作者
Author: eagletyr 时间: 2020-12-23 12:57
如果用的是amber力场，在aminoacids.rtp文件中可以看到C端的那个氨基酸的两个O分别叫OC1、OC2，你可以把你的OXT原子名改成OC2试试呢。

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 13:18

eagletyr 发表于 2020-12-23 12:57
如果用的是amber力场，在aminoacids.rtp文件中可以看到C端的那个氨基酸的两个O分别叫OC1、OC2，你可以把你 ...

对的您说的没错是OC2 我改过还是没用太诡异了除非把非标准氨基酸KCX删除哎

作者
Author: TMULYU 时间: 2020-12-23 14:22
已解决换个工作目录就行还是觉得很诡异

作者
Author: gongrehk 时间: 2021-3-16 21:15
同样遇到了类似的问题， fatal error: Atom OXT in residue LEU 129 was not found in rtp enty LEU with 19 atoms while sorting atoms.
换目录的方法没试成功。看到有帖子说把这个原子删除就行，不知道这么做会不会造成什么问题。不知道有没有大佬赐教。

作者
Author: houxudong2020 时间: 2021-7-11 22:35

gongrehk 发表于 2021-3-16 21:15
同样遇到了类似的问题， fatal error: Atom OXT in residue LEU 129 was not found in rtp enty LEU with 1 ...

在我的体系里和rtp文件里都没有OXT不知道怎么解决？

作者
Author: gongrehk 时间: 2021-7-15 13:31
你可以先检查一下这个O原子实际上存不存在。如果存在的话，你可以试试把命名方式改成和力场itp文件中改O原子命名方式一致。
我不知道你是生成的什么体系，之前我是尝试在一个盒子里放入多个蛋白在生成PDB文件时碰到了这个问题，这种时候OXT并不是代表一个氧原子，只是相当于一个蛋白中止的标识符。但是PDB中一般使用TER分隔每个蛋白分子.我在PDB文件中每个蛋白最后一行(ATOM 1001 OXT LEU A 129)之后加入了TER作为分隔符，程序不再报错了。
我也是新手，不确定我的理解对不对。拿出来跟老哥讨论一下。@houxudong2020

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)