计算化学公社

标题: 求助电子自旋密度回转半径的计算 [打印本页]

作者
Author: haibeih 时间: 2020-12-23 17:44
标题: 求助电子自旋密度回转半径的计算
大家好，我现在有一个体系的自旋密度cube文件，其中包括一个单电子。通过VMD观测，该电子游离在溶液中（即溶剂化电子），不依附于任何分子或者原子。

我的问题是，不知道怎么计算该单电子的自旋密度回转半径（Radius of gyration），即表征其占据空间大小的物理量。网上并没有太多此类信息（比如脚本）。你们是不是都自己写呢？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-24 14:22
Multiwfn（http://sobereva.com）的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如果你有Multiwfn可以认的波函数文件，诸如wfn、molden、fch等，建议以此作为输入文件让Multiwfn直接计算自旋密度，这样精度最好
如果只有cube文件，把Multiwfn的settings.ini设为-1（让用户自定义函数对应于cube文件插值得到的函数），然后用Multiwfn载入cube文件，进入上述功能，选择"3 Select the function to be studied"并选择100 User-defined function作为被计算的函数。然后选1开始计算。

注意如果cube文件对应非正交格子，Multiwfn目前版本在不支持用于以上功能

作者
Author: haibeih 时间: 2020-12-25 17:23

sobereva 发表于 2020-12-24 14:22
Multiwfn（http://sobereva.com）的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如 ...

谢谢您！很有帮助！

作者
Author: haibeih 时间: 2021-8-21 10:42

sobereva 发表于 2020-12-24 14:22
Multiwfn（http://sobereva.com）的主功能200的子功能11就能算任意函数的回转半径。详见手册3.200.11节
如 ...

老师您好，我最近尝试用Gaussian得到的fchk文件，在Multiwfn中计算电子自旋密度的Radius of gyration。
按照手册200.11下
3 // Select real space function

5 // Spin density
2 // Calculate center of spin density
y // Take the resultant center as the one for evaluating the first and second moments
1 // Evaluate the first and second moments
的顺序输入。

但是计算 “2 // Calculate center of spin density“ 的时候却显示：
The center of the function:
X=          NaN Y=          NaN Z=          NaN Angstrom

于是1//计算不出结果。手动指定center也不行。

我的结构非常简单，就是4个水分子包含一个电子：

%chk=B3LYP-6-31G.chk
%nprocshared=36
%mem=110GB
#p B3LYP/6-311++G(d,p) density scfcyc=84048 SCRF(Read,NonEquilibrium=save)

H2O

-1 2
H                2.98830449 5.62223827 2.33601300
H                2.40557049 5.63954327 3.79999600
H                0.11752149 3.88720527 4.10528200
H                -1.04117451 3.97109727 3.02427200
H                2.47704849 3.19800527 5.05255400
H                2.32920049 1.64806127 5.39000600
H                2.09896649 4.33563427 7.81198100
H                1.50720449 5.08163927 6.58030200
O                1.53391449 5.10797327 7.56970700
O                2.99695549 2.37337627 5.28636200
O                2.95369349 6.14891827 3.15913900
O                -0.39411051 3.35525827 3.44486400

Eps=3.2

是不是我的结构太小了，还是settings.ini里面需要设置什么参数？

谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-21 13:10

haibeih 发表于 2021-8-21 10:42
老师您好，我最近尝试用Gaussian得到的fchk文件，在Multiwfn中计算电子自旋密度的Radius of ...

完全是乱用关键词
density scfcyc=84048 通通去掉，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

甭写毫无意义的NonEquilibrium=save

还有问题之后再说，先把关键词弄像话

作者
Author: haibeih 时间: 2021-8-22 10:06

sobereva 发表于 2021-8-21 13:10
完全是乱用关键词
density scfcyc=84048 通通去掉，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词

老师您好，density，scfcyc=84048等滥用词已经去掉， PCM模型是为了模拟冰晶环境。

但是Radius of gyration计算依旧失败，原因不变。是不是格点密度太少？

附件是log输出Mulitwfn出错细节。fchk文件太大不能上传。
再次谢谢您！

***************************************************
%chk=B3LYP-6-31G.chk
%nprocshared=36
%mem=110GB
#p B3LYP/6-311++G(d,p) SCRF(Read)

tBA

-1 2
H                2.98830449 5.62223827 2.33601300
H                2.40557049 5.63954327 3.79999600
H                0.11752149 3.88720527 4.10528200
H                -1.04117451 3.97109727 3.02427200
H                2.47704849 3.19800527 5.05255400
H                2.32920049 1.64806127 5.39000600
H                2.09896649 4.33563427 7.81198100
H                1.50720449 5.08163927 6.58030200
O                1.53391449 5.10797327 7.56970700
O                2.99695549 2.37337627 5.28636200
O                2.95369349 6.14891827 3.15913900
O                -0.39411051 3.35525827 3.44486400

Eps=3.2

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-23 04:58
fchk压缩后上传，如果超过5MB，传网盘

作者
Author: haibeih 时间: 2021-8-23 08:51

sobereva 发表于 2021-8-23 04:58
fchk压缩后上传，如果超过5MB，传网盘

老师您好，fchk文件如下：

https://pan.baidu.com/s/1Ht3RpGm5KxEF9Bp8egPTag
提取码：g0wx

麻烦您帮忙看一下，实际上这种小结构的计算一直不能得到回转半径，而其他稍微大一些的结构是可以成功的，所以我不知道计算回转半径是否和体系复杂程度有关，或者是我安装的Multiwfn出现错误。

谢谢您！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-8-23 10:55
你这问题不一定要算回旋半径吧，可能波函数的<r^2>值就能体现出你要的结果。高斯单点计算的输出文件里就有，搜
Electronic spatial extent (au): <R**2>

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-24 06:29

haibeih 发表于 2021-8-23 08:51
老师您好，fchk文件如下：

https://pan.baidu.com/s/1Ht3RpGm5KxEF9Bp8egPTag

我用目前官网上最新版Multiwfn算你的体系没发现结果有任何问题

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

如果不是最新版先用最新版再试。如果你那里用最新版还是不出结果，把Multiwfn启动后输出的所有信息复制到文本文件里上传我看看。

作者
Author: haibeih 时间: 2021-8-24 09:00

sobereva 发表于 2021-8-24 06:29
我用目前官网上最新版Multiwfn算你的体系没发现结果有任何问题

谢谢sobereva老师，我用最新的3.8版本计算成功了。以前是3.6的版本.

再次感谢您！谢谢！

作者
Author: haibeih 时间: 2021-8-24 09:00

zjxitcc 发表于 2021-8-23 10:55
你这问题不一定要算回旋半径吧，可能波函数的值就能体现出你要的结果。高斯单点计算的输出文件里就有，搜
...

谢谢您的建议，我会看看的！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)