计算化学公社

标题: 求助：结果中磷酸根离子变形严重 [打印本页]

作者
Author: 暮山 时间: 2020-12-24 03:38
标题: 求助：结果中磷酸根离子变形严重
用gromacs研究水溶液中铁离子、羟基、磷酸根和硫酸根的相互吸引，通过amber加acpype.py得到除铁离子外其他离子的ipt文件，整理成topol.top，并通过packmol完成建模。磷酸根的ipt和topol如下图
能量最小化，nvt，npt和算了1ns的结果中的磷酸根离子均变形严重，如下图

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-24 13:09
给你个我自己建立的能合理模拟的硫酸根的itp
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是基于acpype产生的拓扑信息，原子电荷是用Multiwfn按下文算的RESP电荷
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: 暮山 时间: 2020-12-24 14:04
本帖最后由暮山于 2020-12-24 14:05 编辑

sobereva 发表于 2020-12-24 13:09
给你个我自己建立的能合理模拟的硫酸根的itp

老师我这个是磷酸根有问题硫酸根没啥问题 ipt是通过amber+acpype得到的电荷是通过guassion先结构优化得到fch，再把fch导入到Multiwfn中 7 .18. 1算出来的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-24 14:10
把问题简化，把其它阴离子都去掉。把动力学的输出坐标的步数间隔设小，仔细看轨迹判断磷酸根的结构是怎么变化的。亦考虑加大键角力常数

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