计算化学公社

标题: 请问有哪些开源免费的软件包支持CBS-QB3一类的热力学组合方法？ [打印本页]

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-24 08:09
标题: 请问有哪些开源免费的软件包支持CBS-QB3一类的热力学组合方法？
请问有哪些开源免费的软件包支持CBS-QB3一类的热力学组合方法？谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-24 13:08
没必要非得用CBS-QB3，像ORCA的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法也很好用，而且性价比可能更高

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-24 13:11
ORCA就有（免费不开源），看手册
NWChem（免费且开源）支持ccCA系列热力学组合方法

实际上热力学组合方法都很简单，基于主流的量化程序，自己写个shell脚本都能很容易地搞定。

关于楼上提到的基于DLPNO-CCSD(T)，目前已经有现成的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法，诸如最近发表的J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 7507−7524，在SI里还给了ORCA的计算脚本

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-24 16:32

wzkchem5 发表于 2020-12-24 13:08
没必要非得用CBS-QB3，像ORCA的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法也很好用，而且性价比可能更高

谢谢答复，我是为了计算小分子的pKa，在计算气相自由能时尝试过DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很大，而用gaussian里面的CBS-QB3和实验值相差很小

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-24 16:34

sobereva 发表于 2020-12-24 13:11
ORCA就有（免费不开源），看手册
NWChem（免费且开源）支持ccCA系列热力学组合方法

谢谢sob，我是为了计算小分子的pKa，在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很大，而用gaussian里面的CBS-QB3和实验值相差很小，我再继续调研一下，谢谢提供文献

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-12-24 16:38

henlychen 发表于 2020-12-24 16:34
谢谢sob，我是为了计算小分子的pKa，在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值 ...

你算的DLPNO-CCSD(T)有没加TightSCF TightPNO？有没写DLPNO-CCSD(T1)？

要注意计算时的默认参数，ORCA很多默认参数都偏松/低，与高斯比差很多，可能会导致算出来结果不好。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-25 04:39

henlychen 发表于 2020-12-24 16:34
谢谢sob，我是为了计算小分子的pKa，在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值 ...

DLPNO-CCSD(T)这个电子能量的理论方法的选用仅仅是计算气相自由能其中的一个因素，而非全部因素

DLPNO-CCSD(T)具体的实现、用的基组、优化的级别和考虑的校正因子等等，都直接影响最终结果。你仔细看看CBS-QB3方法原文搞清楚原理就知道影响结果的因素有多么的多。不要简简单单因为表面上好像结果比CBS-QB3差就把DLPNO-CCSD(T)打死。起码你也应当用我前面提到的Martin设计的考虑比较周全的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法与CBS-QB3相比才有可比性。我上面提到的那篇文章的表1里，带DLPNO后缀的那几个热力学组合方法精度都吊打CBS-QB3。

并且搞清楚pKa的计算误差来源在哪，倘若对某个体系CBS-QB3算的气相自由能误差恰好和溶解自由能的计算误差一定程度抵消，而基于DLPNO-CCSD(T)的计算结果没抵消这么好或者误差是叠加的，因此就把DLPNO-CCSD(T)本身给冤枉了更是严重错误。

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-25 08:04

sobereva 发表于 2020-12-25 04:39
DLPNO-CCSD(T)这个电子能量的理论方法的选用仅仅是计算气相自由能其中的一个因素，而非全部因素

DLPNO ...

受益匪浅，我确实有好多未加考虑，谢谢sob

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-25 08:05

zjxitcc 发表于 2020-12-24 16:38
你算的DLPNO-CCSD(T)有没加TightSCF TightPNO？有没写DLPNO-CCSD(T1)？

要注意计算时的默认参数，ORCA ...

好的，谢谢答复，我先多加试试和研究

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-12-25 11:10

henlychen 发表于 2020-12-24 16:32
谢谢答复，我是为了计算小分子的pKa，在计算气相自由能时尝试过DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很 ...

pKa主要是溶剂效应要描述得非常好，电子结构方法的精度倒不是重点。ORCA溶剂模型的静电部分用的是CPCM，可能比高斯的PCM差一点，不过如果用SMD考虑了非静电项，应该不会有太大差别。而且要注意和溶质分子直接形成氢键的溶剂分子要用显式溶剂。

作者
Author: henlychen 时间: 2020-12-25 14:50

wzkchem5 发表于 2020-12-25 11:10
pKa主要是溶剂效应要描述得非常好，电子结构方法的精度倒不是重点。ORCA溶剂模型的静电部分用的是CPCM， ...

谢谢你的建议

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