计算化学公社

标题: gromacs跑的轨迹要用amber计算MMPBSA，prmtop文件应该怎么得到呢？ [打印本页]

作者
Author: 957 时间: 2020-12-24 09:45
标题: gromacs跑的轨迹要用amber计算MMPBSA，prmtop文件应该怎么得到呢？
求问我用charmm-gui处理的膜蛋白—配体复合物体系，用gromacs跑的轨迹，要用amber计算MMPBSA，请问配体，蛋白，以及蛋白-配体复合物的prmtop文件应该怎么得到呢？

作者
Author: shaoyuan 时间: 2020-12-24 11:27
charmm-gui最后一步可以勾选转amber的文件夹，建好模型可以先转成amber的相应文件，产生prmtop文件，然后就是需要一个rst文件了，vmd读进来gromacs的轨迹文件再导出为amber的rst文件格式，但是速度应该是没法都过来吧，没那么操作过嘿嘿，请大神帮忙解决一下了。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-12-24 15:18

shaoyuan 发表于 2020-12-24 11:27
charmm-gui最后一步可以勾选转amber的文件夹，建好模型可以先转成amber的相应文件，产生prmtop文件，然后就 ...

如果你指的是vmd导出具有速度的rst文件，可以采用我编译的最新vmd http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html ，是本人更改过的，具备gro和trr速度和力的读取，测试了一下另存为的rst能够保存gro中的速度信息。

作者
Author: laoman 时间: 2020-12-24 18:15
本帖最后由 laoman 于 2020-12-24 18:24 编辑

如果只是想算一下PBSA，gmx也有相应的工具可以计算。非得用Amber计算的话就可以用amber的parmed把gmx格式的topology文件转化成amber格式的prmtop。
这里有一个小脚本供参考 (Amber 18)：

#!/usr/bin/env amber.python
import parmed as pmd
import sys
gmx = sys.argv[1]
top = pmd.load_file(gmx)
top.save(gmx + '.prmtop', format='amber')

复制代码

上面获得整个体系的prmtop之后，可以用ante-MMPBSA.py分割top文件

作者
Author: 957 时间: 2020-12-24 21:04
试着用ante-MMPBSA处理了，但是还是有如下报错 added parm must be a structure or a subclass
以及我用gmx_mmpbsa,g_mmpbsa都算了一次，能量贡献大的残基反而分布在离配体比较远的位置是怎么回事呢，这两种方法在运算的时候什么参数会对结果影响比较大呢

作者
Author: shaoyuan 时间: 2021-1-6 10:32

liuyuje714 发表于 2020-12-24 15:18
如果你指的是vmd导出具有速度的rst文件，可以采用我编译的最新vmd http://bbs.keinsci.com/thread-19148- ...

啧啧，666 厉害了呀！

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-1-24 20:36

laoman 发表于 2020-12-24 18:15
如果只是想算一下PBSA，gmx也有相应的工具可以计算。非得用Amber计算的话就可以用amber的parmed把gmx格式的 ...

请问这个脚本中sys是什么，还有sys.argv[1]?

作者
Author: jfsheen 时间: 2021-1-29 21:03

chenxianzhao 发表于 2021-1-24 20:36
请问这个脚本中sys是什么，还有sys.argv[1]?

参数列表

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)