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标题: 求助~怎么把相同原子的坐标保存到一块？ [打印本页]
作者
Author: 暖空    时间: 2015-11-12 20:01
标题: 求助~怎么把相同原子的坐标保存到一块？
在保存分子坐标的时候怎么把相同原子的坐标都保存到一块？所有C的保存到一块，所有H的保存到一起的那种。先谢谢了
作者
Author: 平辉正    时间: 2015-11-12 23:32
用MS导出cif文件，再放到vesta中导出成VASP格式的结构文件就能得到你要的那种归类的xyz坐标。但是你如果真的需要xyz格式的文件就只要手工修改一下那个vasp格式文件就好
作者
Author: sobereva    时间: 2015-11-13 01:15
应当先说清楚你用什么程序保存，保存成什么格式，否则没法回答。

如果就是指最简单的诸如这样的数据
C                  0.28797006   -2.23302948    0.00000000
C                  1.34458281   -1.31243649    0.00000000
C                  1.07563228    0.06291349    0.00000000
C                 -0.24993101    0.51767048    0.00000000
C                 -1.30654377   -0.40292250    0.00000000
C                 -1.03759323   -1.77827248    0.00000000
H                  0.49331976   -3.28313971    0.00000000
H                  2.35667980   -1.65965355    0.00000000
H                  1.88237957    0.76580666    0.00000000
H                 -2.31864076   -0.05570544    0.00000000
H                 -1.84434052   -2.48116566    0.00000000
C                 -0.54548105    2.02904409    0.00000000
H                 -1.46648931    2.34501161    0.00000000
O                  0.43565937    2.88388043    0.00000000

你想让它元素都挨着，就把以上内容先保存到一个文本文件里，用excel打开之，选择对元素那一列排序然后再保存出来就行了。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-13 03:00
在GaussView中，以乙烷为例，如果用GV标准的“取代式”画法画一个乙烷，它的标号是按照原子出现的先后顺序排列的：
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

保存后输入文件的顺序相同
  1. 0 1
  2. C                 -2.90519877    1.78899080    0.00000000
  3. H                 -2.54854435    0.78018080    0.00000000
  4. H                 -2.54852593    2.29338899    0.87365150
  5. H                 -3.97519877    1.78900398    0.00000000
  6. C                 -2.39185655    2.51494707   -1.25740497
  7. H                 -2.74693134    2.00941985   -2.13105486
  8. H                 -2.75010727    3.52319083   -1.25838358
  9. H                 -1.32185832    2.51662851   -1.25642759
复制代码
如果你想做任何方式的排序（按照元素符号、Group、X、Y、Z...），只要在GV的相应列表窗格排序即可
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

(, 下载次数 Times of downloads: 50)

此时Tag仍然是乱的，Z-Matrix也是乱的，需要做一下Reorder
(, 下载次数 Times of downloads: 50)

然后就都对了
(, 下载次数 Times of downloads: 60)

保存成输入也是排好的
(, 下载次数 Times of downloads: 50)

  1. 0 1
  2. C                 -2.90519877    1.78899080    0.00000000
  3. C                 -2.39185655    2.51494707   -1.25740497
  4. H                 -2.54854435    0.78018080    0.00000000
  5. H                 -2.54852593    2.29338899    0.87365150
  6. H                 -3.97519877    1.78900398    0.00000000
  7. H                 -2.74693134    2.00941985   -2.13105486
  8. H                 -2.75010727    3.52319083   -1.25838358
  9. H                 -1.32185832    2.51662851   -1.25642759
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虽然我仍然不知到楼主需要这么干的动机是什么


作者
Author: milkxx    时间: 2015-11-13 13:21
如果是linux下吧 建议 用sort 命令  sort -k1
作者
Author: 暖空    时间: 2015-11-13 16:58
平辉正 发表于 2015-11-12 23:32
用MS导出cif文件，再放到vesta中导出成VASP格式的结构文件就能得到你要的那种归类的xyz坐标。但是你如果真 ...

恩恩,不过我没用过MS，谢谢您的回复
作者
Author: 暖空    时间: 2015-11-13 17:01
sobereva 发表于 2015-11-13 01:15
应当先说清楚你用什么程序保存，保存成什么格式，否则没法回答。

如果就是指最简单的诸如这样的数据

恩恩，明白了，谢谢sob老师~~第一次发帖求助，有很多不周到的地方，还望多多见谅哦
作者
Author: 暖空    时间: 2015-11-13 17:04
liyuanhe211 发表于 2015-11-13 03:00
在GaussView中，以乙烷为例，如果用GV标准的“取代式”画法画一个乙烷，它的标号是按照原子出现的先后顺序 ...

好详细的回复，太感谢啦~~我最近在学习Dalton,输入文件对这有要求哦
作者
Author: 暖空    时间: 2015-11-13 17:06
milkxx 发表于 2015-11-13 13:21
如果是linux下吧 建议 用sort 命令  sort -k1

谢谢你的回复~是直接在linux系统下用sort这个命令对输入文件进行处理么？



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