在虚拟机中提交任务gmx mdrun -v -deffnm 1225 -nt 4，可以正常运行。
在超算上提交任务 yhrun -N 1 -n 4 -p bigdata gmx_mpi mdrun -s 1225.tpr -v -deffnm 1225 -ntomp 1，跑了几秒就报错，内容是"72 particles communicated to PME rank 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated."
在超算上提交指令改为yhrun -N 1 -n 1 -p bigdata gmx_mpi mdrun -s 1225.tpr -v -deffnm 1225 -ntomp 4，则可以正常运行，但是速度非常慢。