计算化学公社

标题: 提取orca计算文件中SOC数据的python脚本 [打印本页]

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2020-12-25 14:59
标题: 提取orca计算文件中SOC数据的python脚本
本帖最后由 tiandikuoyuan 于 2021-2-6 11:12 编辑

更新：谢谢@Novice 提醒，一直用的博文《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱》中提到的“单重态与各个三重态间的SOC算符的x,y,z三个分量对应的旋轨耦合矩阵元”做的计算；因此重新修改了脚本，现在[url=]orca-soc2.py[/url] 是使用“单重态与各个三重态的三个子态间的总旋轨耦合矩阵元”计算得到总的SOC。
使用orca计算完旋轨耦合矩阵元之后，需要汇总SOC数值，之前都是复制到excel中手动分列再计算；数据多了之后发现这样太麻烦了，因此借鉴论坛里面的一些脚本，写了个python脚本进行计算SOC并输出到文件，数据和手动计算的结果一样。第一次自己写脚本处理数据，可能写的不太好，希望大家指点一下。本来想把数据重排成和pysoc结果一样单线态在前，奈何水平有限。
用法：下载py文件，运行脚本会自动读取当前文件夹中的所有out文件（根据需求可以修改），会输出两个文件：一个是计算好的SOC文件，第一和二列分别是三线态和单线态序号，第三列是SOC值；第二个文件是提取出来的原始CALCULATED SOCME BETWEEN TRIPLETS AND SINGLETS数据。

作者
Author: yygong 时间: 2020-12-26 13:06
谢谢分享

作者
Author: Novice 时间: 2021-2-3 13:29
楼主，我用完之后发现，你输出错了，你输出的为SOC计算的第一个表格“各个单重态与各个三重态间的SOC算符的x,y,z三个分量对应的旋轨耦合矩阵元”，而不是第二个表格“各个单重态与各个三重态的三个子态间的总旋轨耦合矩阵元”。详见 http://sobereva.com/462
使用的同志也请注意。

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2021-2-6 11:01

Novice 发表于 2021-2-3 13:29
楼主，我用完之后发现，你输出错了，你输出的为SOC计算的第一个表格“各个单重态与各个三重态间的SOC算符的 ...

非常感谢提醒，我一直是用的第一个

；对比了一下这两个表格得到的SOC值不是完全一样的，可能是精度不够。
已经重新修改了一下脚本。 (, 下载次数 Times of downloads: 74)

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-2-6 11:14

tiandikuoyuan 发表于 2021-2-6 11:01
非常感谢提醒，我一直是用的第一个；对比了一下这两个表格得到的SOC值不是完全一样的，可能是精度不 ...

帖子正文部分建议更新一下附件

作者
Author: 晓来雨过 时间: 2021-4-11 15:04
老师您好，有一个问题就是一旦我使用了D3矫正后，这个脚本就不起作用了，这是为什么？看了脚本内容，不应该呀

作者
Author: zp00150 时间: 2021-8-23 22:37
谢谢分享

作者
Author: Novice 时间: 2022-5-24 14:48
本帖最后由 Novice 于 2022-5-24 15:10 编辑

1. 对作者原来的代码进行了部分优化，使得速度更快；
2. 不再输出原始的SOC列表信息（可通过去掉"newname1"行和“输出原始SOC列表信息”部分前面的#恢复）；
3. 增加输出了跃迁列表信息；
4. 作者源代码中时间单位并非秒，进行了改正；
5. 对计算出的SOC数值格式化保留小数点后四位，并增加了表头；
6. 产生的新文件后缀改为.txt，以容易区分和避免部分麻烦。

作者
Author: WHS124120 时间: 2023-6-16 19:16

Novice 发表于 2022-5-24 14:48
1. 对作者原来的代码进行了部分优化，使得速度更快；
2. 不再输出原始的SOC列表信息（可通过去掉"newname1 ...

请问使用时第28行语法报错是什么原因？

作者
Author: Novice 时间: 2023-6-19 09:34

WHS124120 发表于 2023-6-16 19:16
请问使用时第28行语法报错是什么原因？

你做了其它修改吗？没有的话应该没有问题。我在ubuntu20.04和WSL上使用均没问题，我看有35个下载了，也没其他人反映有问题。或者你把报错信息发出来我看看？

作者
Author: WHS124120 时间: 2023-7-7 19:26

Novice 发表于 2023-6-19 09:34
你做了其它修改吗？没有的话应该没有问题。我在ubuntu20.04和WSL上使用均没问题，我看有35个下载了，也没 ...

解决了，谢谢啦，应该版本的问题

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