计算化学公社

标题: AMBER 如何做 Free Energy Landscape (FEL)? [打印本页]

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-12-25 21:41
标题: AMBER 如何做 Free Energy Landscape (FEL)?
如题，AMBER 怎么做 FEL ？

前面的matrix和diagmatrix已经做完了

projection也做完了

最后一步生成能量热图是哪个模块呢？求大佬们指点（Gromacs里面是有g_sham模块的，AMBER里面有对应的吗？）

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-12-26 04:29
如果我猜得不错的话，你手头已经有数据了，完全可以直接用gnuplot里面的pm3d来画heatmap。

你可以参考 https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... cb458d&scene=21 。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-26 05:01
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

变通一下即可
此文的ddtdp不仅统计各个区间的概率，还会使用高斯函数进行平滑化，得到明显更好的图像效果。

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-12-26 09:13

Daniel_Arndt 发表于 2020-12-26 04:29
如果我猜得不错的话，你手头已经有数据了，完全可以直接用gnuplot里面的pm3d来画heatmap。

你可以参考 h ...

谢谢您!

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-12-26 09:13

sobereva 发表于 2020-12-26 05:01
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

感谢卢老师，我去研读一下！

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-12-26 14:46

sobereva 发表于 2020-12-26 05:01
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

感谢卢老师写的程序！成功计算了自由能面图！以下是几点心得及小疑问：

1.对于xvg输入文件的格式要求: 实测之后，您写的程序第一列数据前需要有两个空格，第一列与第二列之间需要有3个空格，不然程序计算会出现bug（最大值1000，result2文件为0K等）

2.卢老师您给的例子中，投影6个向量随时间波动的例图中，纵坐标vec的变化值-1到1，是否有代表正负相关的意思呢？

3.使用您这个程序之后，文章中如何引用？（readme文件中提及的，文末写上感谢提供ddtpd程序，就可以吗?)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-27 06:49

知黑守白发表于 2020-12-26 14:46
感谢卢老师写的程序！成功计算了自由能面图！以下是几点心得及小疑问：

1.对于xvg输入文件的格式要 ...

1 应该没这个限制。因为读取的时候是以自由格式来读取的：
read(10,*) (datax(i),datay(i),i=1,numdata)

2 这不体现相关性，相关性是对于两个或多个坐标之间而言的。在单个坐标上的投影的符号只不过体现轨迹在这特定坐标的位置上是正是负而已。

3 可以类似这么引
Tian Lu, ddtdp program, Version 1.3, http://sobereva.com/73 (accessed Dec-20, 2020)

作者
Author: zeqiandu 时间: 2021-8-14 12:51
sob老师，pca的文件转化为results之后我怎么知道自由能图上的某一点对应轨迹中的那个结构呢？这个程序能实现吗？

作者
Author: @ty1785192 时间: 2022-6-16 09:57
你好，请问能跟你学下amber做自由能景观图吗？麻烦你了，希望给一下回复。谢谢大佬。

作者
Author: 知黑守白 时间: 2022-6-26 19:09

@ty1785192 发表于 2022-6-16 09:57
你好，请问能跟你学下amber做自由能景观图吗？麻烦你了，希望给一下回复。谢谢大佬。

没问题，手册第30.13.1章是官方的例子，你可以去试试有问题再来

作者
Author: Couriosity 时间: 2022-10-18 00:43

知黑守白发表于 2022-6-26 19:09
没问题，手册第30.13.1章是官方的例子，你可以去试试有问题再来

请问手册第30.13.1章是哪个版本的手册呢？

作者
Author: wwwv 时间: 2025-3-21 19:30

sobereva 发表于 2020-12-26 05:01
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

您好老师，我想问一下高使用斯函数进行平滑化处理后的能量怎么转化啊

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)