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标题: obgmx离线程序及其安装使用简介 [打印本页]
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Author: tjuptz    时间: 2020-12-26 15:46
标题: obgmx离线程序及其安装使用简介
本帖最后由 tjuptz 于 2020-12-27 21:11 编辑

在社长推荐的gromacs拓扑生成工具中，用来生成近似UFF力场参数的拓扑的在线工具OBGMX因某些原因已经无法使用了。在一个学术交流群里得知，可以通过邮件向作者索要Linux二进制程序、离线使用，现分享到论坛。因是非开发者分享，所以特别提醒使用该工具的同仁记得在论文中引用：G. Garberoglio. OBGMX: a web-based generator of GROMACS topologies for molecular and periodic systems using the Universal Force Field. J. Comput. Chem. 33 (2012), 2204-2208
http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23049


该工具依赖openbabel，http://sobereva.com/440里提供了安装方法。并且根据该文件包内容记载，最好是2.3.2版本。该工具是在Ubuntu下编译，经测试在centos7.6下正常使用。安装方法如下：
  1. yum -y install openbabel 2.3.2
  2. tar -xjf obgmx.tar.bz2
  3. mkdir /usr/local/ob-gg-232
  4. mv ./share /usr/local/ob-gg-232
复制代码
记得把share文件夹放到那个路径，之后可以在obgmx文件所在目录通过./obgmx命令获得usage
  1. Usage: ./obgmx [options] <filename>

  3. options:      description:

  5.   -h          add hydrogens before calculating energy
  6.   -d          include debug statements
  7.   -LB         use Lorentz-Berthelot mixing rule [def. geometric]
  8.   -14 mult    1-4 multiplication parameter [def. 1.0]
  9.   -H          use harmonic form for angle potential [def. cosine]
  10.   -G idx      use geometrical data. An OR of:
  11.               1: bond lengths
  12.               2: angles
  13.               4: dihedral
复制代码
简单测试了下，xyz mol2都可以处理的。
(, 下载次数 Times of downloads: 430)


顺便记录一下，如果遇到yum lock问题，可以参照https://my.oschina.net/liting/blog/358501该网页方法解决
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-26 17:39
我已在下文中提及了此帖
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
作者
Author: IamHK    时间: 2021-2-24 20:31
本帖最后由 IamHK 于 2021-2-24 20:33 编辑

老师，您好，我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文，但是产生的拓扑文件中有些参数和分子构型不一样，图一是我需要生成top文件的结构图
D:\Desktop\structure1.png
但是产生的top文件中键角和二面角数据都和实际结构有出入

[ angles ]
; G96 (cosine) angles
; found 6 unique angle terms
; [0]    H_     C_3    H_        109.4700  344.8961
; [1]    Si3    C_3    H_        109.4700  413.0617
; [2]    C_3    Si3    C_3       109.4700  521.9070
; [3]    C_3    Si3    O_3_z     109.4700  780.5876
; [4]    O_3_z  Si3    O_3_z     109.4700 1218.5093
; [5]    Si3    O_3_z  Si3       146.0000 1790.3872
3      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
3      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
2      1      3       2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
10     1      64      2   109.4700   780.5876 ; O_3_z  Si3    C_3   type 3
2      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
2      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
1      2      5       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      6       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      4       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
5      2      6       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0
4      2      5       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0

键角中，红色部分显示的角度为146，但是优化好结构的角度是154

[ dihedrals ]
; proper torsion terms
; found 2 unique dihedral terms
; [0] Si3    O_3_z  Si3    C_3         2.0000     0.0000    1.0922
; [1] H_     C_3    Si3    O_3_z       3.0000     0.0000    0.3748
28     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
26     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
27     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
34     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     40      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     33      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
36     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1

例如top文件中28     23     21     22原子二面角显示为0，但结构图中为56.
没有弄明白为什么出现较大差别，还请老师指教。谢谢！
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-2-26 07:52
IamHK 发表于 2021-2-24 20:31
老师，您好，我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文，但是产生的拓扑文件中有些参数和分子 ...

这些参数是uff力场内置的，可能就是不适合你的体系
作者
Author: neocc    时间: 2021-4-10 22:59
请问centos7中yum安装openbabel后，为什么运行obgmx会报错

*** Open Babel Error  in Convert
  input or output stream not set

不过已生成ffout、itp、top文件，openbabel调用失败会影响结构和力场文件的生成么？
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-4-10 23:27
你研究一下这个报错代表什么吧，具体我不太清楚你的情况。结构文件用你自己原来的就行，需要检查下itp里的键连
作者
Author: Paco    时间: 2021-4-22 09:26
老师您好，现在OBGMX的离线版安装之后，它的输入文件类型是什么呢？mol2、pdb等结构文件都无法输出
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-4-22 09:29
Paco 发表于 2021-4-22 09:26
老师您好，现在OBGMX的离线版安装之后，它的输入文件类型是什么呢？mol2、pdb等结构文件都无法输出

我试过xyz mol2可以，你确保你的openbabel装好了
作者
Author: Paco    时间: 2021-4-22 14:38
tjuptz 发表于 2021-4-22 09:29
我试过xyz mol2可以，你确保你的openbabel装好了

好的，谢谢
作者
Author: xxzj    时间: 2021-6-17 18:08
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-17 18:11 编辑

老师，您好，我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题，输入代码后没有正常进行，想请教一下老师，是哪里出现了问题，我应该采取什么办法进行解决？辛苦老师
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-6-17 18:57
xxzj 发表于 2021-6-17 18:08
老师，您好，我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题，输入代码后没有正常进行，想请教一下老师，是哪里出 ...

看起来是压缩包不在这个路径
作者
Author: xxzj    时间: 2021-6-18 20:32
老师，我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0，想请问老师，这项的值可以从哪里获取进行添加，谢谢老师啦
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-6-19 17:28
xxzj 发表于 2021-6-18 20:32
老师，我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0，想请问老师，这项的值可以从哪里获取进行添加，谢谢 ...

如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷，固体的话我不太清楚，可能得用第一性原理的计算然后拟合
作者
Author: xxzj    时间: 2021-6-19 18:18
tjuptz 发表于 2021-6-19 17:28
如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷，固体的话我不太清楚，可能得用第 ...

收到，谢谢老师
作者
Author: xxzj    时间: 2021-6-22 08:24
老师，请问使用该工具如何获得使用UFF力场后的分子结构文件呢，比如pdb, xyz等可以使用gaussview或者VMD打开直接看到结构的那种，因为生成了obgmx.ffout用这些软件无法打开，我想直接进行分子结构的比较，所以想请问老师如何实现？辛苦老师了
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-6-22 11:19
xxzj 发表于 2021-6-22 08:24
老师，请问使用该工具如何获得使用UFF力场后的分子结构文件呢，比如pdb, xyz等可以使用gaussview或者VMD打 ...

你生成top的时候提供的结构文件，这个工具只产生拓扑文件，不提供几何结构
作者
Author: xxzj    时间: 2021-6-24 10:02
tjuptz 发表于 2021-6-22 11:19
你生成top的时候提供的结构文件，这个工具只产生拓扑文件，不提供几何结构

老师，那如果想知道这个力场选择是否适合自己体系，应该如何去比较呀？
作者
Author: nana0327    时间: 2021-7-4 14:22
本帖最后由 nana0327 于 2021-7-4 22:47 编辑

装OBGMX没有成功，我有两个配体急需要生成它的itp和gro文件，可以帮我试一下用OBGMX可以生成吗，万分感谢
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-7-5 20:49
nana0327 发表于 2021-7-4 14:22
装OBGMX没有成功，我有两个配体急需要生成它的itp和gro文件，可以帮我试一下用OBGMX可以生成吗，万分感谢

http://bbs.keinsci.com/thread-22807-1-1.html
用这里面大佬的windows 版本
作者
Author: Kangtor    时间: 2021-7-23 10:03
请问如何多核使用obgmx
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-7-23 13:35
Kangtor 发表于 2021-7-23 10:03
请问如何多核使用obgmx

我也不知道，这个应该只是单核的？
作者
Author: lhlwqh    时间: 2021-9-5 20:51
tjuptz 发表于 2021-7-5 20:49
http://bbs.keinsci.com/thread-22807-1-1.html
用这里面大佬的windows 版本

老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦
作者
Author: tjuptz    时间: 2021-9-5 22:23
lhlwqh 发表于 2021-9-5 20:51
老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦

去那个老师帖子里问问吧，我这也没有
作者
Author: 朱朱朱    时间: 2022-3-2 14:06
老师您好，感谢您的分享。我想获取UFF力场参数所以安装了obgmx，安装完之后如何获取我所需的原子的UFF力场参数呢？我没有找到相关教程，还希望您指点
作者
Author: xiaotengteng    时间: 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！
作者
Author: tjuptz    时间: 2023-9-8 16:43
xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

在论文搜搜gmx和lammps 文件互转
作者
Author: slxc920113    时间: 2023-9-8 22:14
xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种软件的力场格式。而且因为lanmps支持的函数形式更加丰富，其实都不需要像文献那样做近似处理。
作者
Author: xiaotengteng    时间: 2023-9-13 09:53
tjuptz 发表于 2023-9-8 16:43
在论文搜搜gmx和lammps 文件互转

好的，谢谢老师！
作者
Author: xiaotengteng    时间: 2023-9-13 09:54
slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

好的，感谢分享！我去尝试一下。
作者
Author: xiaotengteng    时间: 2023-9-14 16:44
slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

您好，这个AuToFF的在线工具只支持.cif、.vasp文件上传文件大小1M以内且原子数小于1000，对于大一点的模型好像就不可以了，想问问有了解实体软件么，感谢！
作者
Author: slxc920113    时间: 2023-9-14 19:24
xiaotengteng 发表于 2023-9-14 16:44
您好，这个AuToFF的在线工具只支持.cif、.vasp文件上传文件大小1M以内且原子数小于1000，对于大一点的模 ...

分子动力学模拟不是直接拿一大个盒子是创建拓扑文件的，而是生成组分的拓扑再搭建盒子。对于必须当作完整结构处理的晶体，很少会出现1000个原子以上的单胞。
作者
Author: xiaotengteng    时间: 2023-9-17 12:31
slxc920113 发表于 2023-9-14 19:24
分子动力学模拟不是直接拿一大个盒子是创建拓扑文件的，而是生成组分的拓扑再搭建盒子。对于必须当作完整 ...

好的，我明白了，感谢告知！



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