计算化学公社

标题: 关于make_ndx、tc-grps分组设置问题 [打印本页]

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-12-27 21:36
标题: 关于make_ndx、tc-grps分组设置问题
关于make_ndx设置,tc-grps及energygrps这部分，我不太清楚该如何去选择设置，我做的体系是含有活性金属的，在设置蛋白与非蛋白组时，NFH是配体，CA和ZN是金属离子,请问如何分组比较合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-29 12:02
对于控温组的设置，和蛋白质直接稳固结合的（蛋白质+配体+稳固与蛋白质结合的金属）作为一个控温组，水和游离在水中的离子作为另一个控温组。

energygrps怎么设看你想怎么分析，别人没法告诉你。

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-12-30 10:35

sobereva 发表于 2020-12-29 12:02
对于控温组的设置，和蛋白质直接稳固结合的（蛋白质+配体+稳固与蛋白质结合的金属）作为一个控温组，水和游 ...

嗯嗯，好的，谢谢老师

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