计算化学公社

标题: MD模拟时，关于金属蛋白top文件和距离限制问题求助 [打印本页]

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-12-27 22:26
标题: MD模拟时，关于金属蛋白top文件和距离限制问题求助
我在做MD模拟时，对金属离子做距离限制时，出现如图所示warnning，提示topol.top和solv.gro原子序号不匹配，之前蛋白生成拓扑文件时，金属离子单独生成了top文件，我这里将金属离子做自由离子写在了top文件最后面，做关于金属的距离限制时，说是[]段落应当紧接着写在被限制分子的.itp后面，但我不太明白如何设置才是正确的。希望老师能帮忙解惑一下，谢谢

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-12-27 22:28
老师，之前构建top文件在Include #include "ions_chain_A.itp"，会有金属与蛋白不成键的提示，所以我就做自由离子处理，再加距离限制，不知道这个是否有矛盾

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-29 11:59
[molecules]字段的顺序必须和结构文件一致
当前结构文件是
1444CA    CA 2443 4.554 3.584 4.124
1445CA    CA 2444 3.724 2.587 2.333
1446CA    CA 2445 4.182 2.818 4.601
1447CA    CA 2446 3.152 3.504 5.058
1450ZN    ZN 2447 3.740 4.065 3.195
1451ZN    ZN 2448 4.486 3.032 3.124
1452CA    CA 2449 1.573 3.156 2.724
显然你不能在[molecules]里写成
ZN       2
CA       5
必须是
CA 4
ZN 2
CA

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)