计算化学公社

标题: 求助双层石墨烯中间添加水和离子 [打印本页]

作者
Author: adong 时间: 2020-12-28 12:56
标题: 求助双层石墨烯中间添加水和离子
本帖最后由 adong 于 2020-12-28 22:27 编辑

用gromacs进行分子动力学模拟，我已经建好了双层石墨烯，请问如何在层间添加水分子和离子呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-29 11:39
注意看清楚板块再发贴，本帖应当发到分子模拟版，给你移动了

用gmx solvate加水，然后载入VMD，在保存结构时利用选择语句扣除不需要的部分的水

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: adong 时间: 2020-12-29 12:04

sobereva 发表于 2020-12-29 11:39
注意看清楚板块再发贴，本帖应当发到分子模拟版，给你移动了

用gmx solvate加水，然后载入VMD，在保存结 ...

谢谢sob老师，下次注意。我试一下vmd

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