计算化学公社

标题: lammps中怎么用chunk命令计算O原子沿z方向密度分布 [打印本页]

作者
Author: Merry 时间: 2020-12-28 14:18
标题: lammps中怎么用chunk命令计算O原子沿z方向密度分布
lammps中怎么用chunk命令计算某种元素沿z方向的数密度分布？
我写的哪里出错了？

compute 1 o* chunk/atom bin/1d z lower 5 units reduced
fix 2 o* ave/chunk 100 10 100 1 density/number norm sample file density.profile

作者
Author: szw236 时间: 2020-12-29 08:53
units reduced的意思是把z方向盒子看作1(即无量纲化)，所以你前边分层的值就应该0< <1。手册原话：A reduced value means normalized unitless values between 0 and 1, which represent the lower and upper faces of the simulation box respectively. Thus an origin value of 0.5 means the center of the box in any dimension. A delta value of 0.1 means 10 bins span the box in that dimension.

作者
Author: Merry 时间: 2021-1-4 16:15
好的。谢谢大佬

作者
Author: 李思玫 时间: 2023-5-13 10:18
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk 10 5 100 achunk density/number norm sampel file Os1-density.profil
我在计算原子密度的时候一直报错说我们fix ave/chunk书写错误，这是我的命令，我想在z方向上分成两段分别计算两段的原子密度分布，现在就是有两个问题，一个是会报错说书写不对，还有一个就是我的是lower 0.5 将units分成里两段，怎么分别将两部分的原子密度分布输出呢，计算在z方向上O原子的数量。

作者
Author: 李思玫 时间: 2023-5-13 10:19
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk 10 5 100 achunk density/number norm sampel file Os1-density.profil
我在计算原子密度的时候一直报错说我们fix ave/chunk书写错误，这是我的命令，我想在z方向上分成两段分别计算两段的原子密度分布，现在就是有两个问题，一个是会报错说书写不对，还有一个就是我的是lower 0.5 将units分成里两段，怎么分别将两部分的原子密度分布输出呢，计算在z方向上O原子的数量。

作者
Author: thor 时间: 2023-10-13 17:53

李思玫发表于 2023-5-13 10:19
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk ...

O原子定义了吗

作者
Author: kimwyy 时间: 2024-3-25 10:49

李思玫发表于 2023-5-13 10:18
请问学长解决了么，compute achunk Os chunk/atom bin/1d z lower 0.5 units reduced
fix a Os ave/chunk ...

ix a Os ave/chunk 10 5 100 achunk density/number norm sampel file Os1-density.profile语句的关键字sample拼错

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