计算化学公社

标题: 求助：md时一直崩溃 [打印本页]
作者
Author: WUXIAOWEN    时间: 2020-12-28 16:15
标题: 求助：md时一直崩溃
之前模拟也会出现如下崩溃的现象
Step 2558079, time 25580.8 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max 223371.156250 (between atoms 3747 and 3748)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   3731   3732   49.9    0.2720   0.2810      0.2720
   3731   3733   45.3    0.3553   0.3611      0.3460
   3748   3749  173.6  2875.9861 6917.7725      0.2940
   3749   3751  162.1  916.1501 2070.8621      0.4060
   3865   3867   33.1    0.6522   0.4713      0.4930
   3865   3868  103.4    0.6717  31.7400      0.6040
   3867   3868  125.8    0.2859  31.8718      0.2720
   3867   3869  104.9    2.6191   0.6948      0.3460
   3868   3869  107.6    2.4554  36.8932      0.2940
   9243   9245   88.0    0.4930   0.5069      0.4930
   9243   9246   96.3    0.6040   0.5615      0.6040
   9245   9246   88.3    0.2719   0.1876      0.2720
   9245   9247   67.6    0.3458   0.4383      0.3460
   9246   9247   36.9    0.2940   0.2945      0.2940
   9387   9389  173.9   11.0430  26.4269      0.4930
   9387   9390  145.3   21.5057  41.9621      0.6040
   9389   9390  135.4   10.8867  15.4018      0.2720
   9389   9391  138.6   14.5580  58.0390      0.3460
   9390   9391  177.9   21.5785  70.6625      0.2940
   9391   9393  105.1   22.6874  72.5608      0.4060
   9459   9461   97.8    0.4930   0.6943      0.4930
   9459   9462   92.2    0.6039   0.8452      0.6040
   9461   9462   41.4    0.2712   0.3194      0.2720
   9461   9463   56.7    0.3454   0.4307      0.3460
   9462   9463   58.3    0.2941   0.2779      0.2940
   9463   9465   49.1    0.4061   0.5462      0.4060
Wrote pdb files with previous and current coordinates

Step 2558080, time 25580.8 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms nan, max 353767.875000 (between atoms 3747 and 3748)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   3745   3748  174.7  5738.3477 5284.1250      0.6040
Wrote pdb files with previous and current coordinates
yhrun: error: cn9735: task 0: Segmentation fault




使用gmx mdrun -cpi可以断点续跑，总是能连续跑完。

本次模拟中使用的分子结构文件之前也在不同体系下顺利模拟过，崩溃后继续使用断点续跑会立即崩溃，希望老师能够指导一下。
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-29 11:46
可能的原因很多，没有简单答案

(, 下载次数 Times of downloads: 23)
(, 下载次数 Times of downloads: 22)
作者
Author: WUXIAOWEN    时间: 2020-12-29 16:31
sobereva 发表于 2020-12-29 11:46
可能的原因很多，没有简单答案

调小了步数..正在跑，谢谢老师的回复和指导~感谢



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