计算化学公社

标题: 一个opt任务提交了两次，out文件被覆盖，能否从chk文件中恢复 [打印本页]

作者
Author: abc_xin 时间: 2020-12-28 21:22
标题: 一个opt任务提交了两次，out文件被覆盖，能否从chk文件中恢复
一个opt任务提交了两次，out文件被覆盖，能否从chk文件中提取第一次计算时最后一次优化得到的结构？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-28 21:31
本帖最后由北大-陶豫于 2020-12-28 21:32 编辑

嗯，，被覆盖的话新文件里也应该有 input orientation 吧？
直接用 GView 打开（记得勾选 Read Internal Geometries）然后读出你想要的结构就行了啦。
可以看看这篇文章：
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法 - http://sobereva.com/164

如果想确认是否发生了震荡，可以用GaussView载入输出文件（打开文件的界面下方必须勾选上Read intermediate geometries），然后进入Results - Optimization，看能量和受力变化曲线。如果曲线到后期没有整体降低、逐渐收敛到平坦的大趋势，而是来回上下波动，并且观看优化轨迹也发现结构在反复波动，这就说明震荡了。几何优化正在执行的过程中也可以随时对收敛情况这样进行监视。

作者
Author: abc_xin 时间: 2020-12-28 21:37
out文件么？没有input orientation。我是一个同样的输入文件先后被提交了两次，刚刚看了一下，out文件中的初始坐标和第一次输入文件的坐标一样。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2020-12-28 21:40
本帖最后由北大-陶豫于 2020-12-28 21:42 编辑

abc_xin 发表于 2020-12-28 21:37
out文件么？没有input orientation。我是一个同样的输入文件先后被提交了两次，刚刚看了一下，out文件中的 ...

建议把你这个 out 文件贴出来。另外你是之前一次提交成功结束了、而后不小心又提交了一次所以覆盖了是吗？
你也可以把 chk 文件转成 fchk 然后下载到本地用 GView 看看是啥。（我的提交脚本里规定了任务结束后要 formchk 一下，相当于自动备份了，就不存在这种问题了。实在没有备份那我也没办法，只能跟你说吃一堑长一智了……）

作者
Author: abc_xin 时间: 2020-12-28 21:43
好的，谢谢。我去试试

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-29 11:24
上次的chk如果被这次的改写了，之前的最终坐标就没了

作者
Author: abc_xin 时间: 2020-12-29 18:09
好的，谢谢sob老师；今天已经重新再跑了

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