计算化学公社

标题: Molpro可视化方案：mpout2gauout.sh脚本 [打印本页]

作者
Author: Freeman 时间: 2020-12-28 22:16
标题: Molpro可视化方案：mpout2gauout.sh脚本
本帖最后由 Freeman 于 2021-1-13 20:58 编辑

2021.1.13 更新

新消息！Molpro现在出了原生的可视化软件gMolpro，详情见http://www.tech-box.com.cn/news/ ... %E5%B8%83!-302.html。
该软件目前只支持Linux和Mac系统，所以Windows用户还是建议用mpout2gauout.sh脚本。
话说我刚写完脚本Molpro就把可视化软件出了，这也太巧了嗲。

脚本的一个小bug：请用户自行把脚本最后一行插到倒数第二行和倒数第三行之间。

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本人最近在研究双自由基。双自由基一般用CASPT2方法算单电能甚至优化，但是只有MOLPRO和MOLCAS支持CASPT2，Gaussian不支持。所以如果要用CASPT2优化和振动分析的话，就不能用Gaussview来观看结果。MOLPRO原本有MolproView作为其可视化程序，但用起来比较繁琐；而且最近官网上的MolproView好像已经下架了（sobereva博文《安装和使用molproView》里提供的网址http://www.molpro.net/molproView显示404），官方建议用收费的Chemcraft来看Molpro的输出（https://www.molpro.net/info/links?portal=user&choice=Links，万恶的zbzy相互勾结

）。我不想花这笔钱，于是就自己写了个将Molpro优化振动分析输出文件转换成Gaussian输出文件的脚本mpout2gauout.sh，以实现用GaussView观看Molpro的输出。

mpout2gauout.sh
用法：>bash mpout2gauout.sh molpro.out molpro.log
描述：在当前目录下生成Molpro优化和振动分析输出文件对应的Gaussian输出文件，文件名为molpro.gau.log。
注意事项：
（1）解释器为bash，故要将脚本第一行写成自己系统中bash的位置，且要使用bash命令，而非sh命令；
（2）out文件包含频率信息，log文件包含优化每一帧几何结构信息，都是Molpro的输出文件；
（3）out和log文件没有输入顺序，谁先谁后都可以；
（4）如果只有log没有out，就只能看优化几何结构，不能看振动，但是不能只有out没有log；
（5）运行该脚本时，在当前目录下会生成多个临时文件geom001、geom002、geom003、……、GEOM、freq1、freq2、freq3、FREQ，运行完毕后删去，请注意临时文件名不要与其他文件冲突；
局限和潜在bug：
（1）可能无法正确显示考虑对称性的优化任务
该脚本只针对CASPT2做过测试，而CASPT2不考虑对称性，所以该脚本尚且可行。对于考虑对称性的任务，由于标准朝向可能改变，不敢保证脚本读入的最后一帧结构的坐标系是否与原子振动方向对应。
（2）只能显示包括虚频的最小的6个振动模式
GaussView一行只能读取6个振动模式，如果体系的振动模式多于6个，高斯输出文件就必须换行。但是shell语言的文本处理能力实在不咋地，而且频率部分的文本特别复杂，很难做到把Molpro输出文件的频率换行显示成Gaussian输出文件的样子。好在大家看频率无非是看个虚频，所以更大的正频率即使不显示也应该没啥关系。
（3）振动幅度偏小
好像用脚本生成的Gaussian输出文件比原生Gaussian输出文件在GaussView里显示的振动幅度小一些，不知道是我这个体系的特殊情况，还是两个软件默认的振幅单位不同；好在两者总体振动趋势是一致的，就已经能够说明问题了。

本人还写过QUANTUM-Espresso-PWscf可视化方案，见http://bbs.keinsci.com/thread-20166-1-1.html。
上面的帖子里有人问为啥不拿免费的iQMol替代GaussView。原因一是我没用过iQMol；原因二是石皮角刀牛版GaussView满天飞，即使没有版权也能悄咪咪下载来用；原因三是Gaussian、GaussView二件套一般是做计算的组标配的，更普及，更方便。

话说自己这半年实际的数据没做出来多少，代码倒是写了几百行了，真是尴尬至极。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-29 11:27
现在ORCA也有CASPT2了
BAGEL支持CASPT2解析梯度

作者
Author: Freeman 时间: 2020-12-29 14:05

sobereva 发表于 2020-12-29 11:27
现在ORCA也有CASPT2了
BAGEL支持CASPT2解析梯度

没听过BAGEL。刚去官网看了下，发现BAGEL还支持相对论CASPT2。

作者
Author: Freeman 时间: 2021-1-13 20:40
本帖最后由 Freeman 于 2021-1-13 20:58 编辑

新消息！Molpro现在出了原生的可视化软件gMolpro，详情见http://www.tech-box.com.cn/news/ ... %E5%B8%83!-302.html。
该软件目前只支持Linux和Mac系统，所以Windows用户还是建议用mpout2gauout.sh脚本。
话说我刚写完脚本Molpro就把可视化软件出了，这也太巧了嗲。

作者
Author: 红米饭1234 时间: 2021-9-18 10:54
有没有molpor的out输出文件数据解读呀？能量和频率

作者
Author: Freeman 时间: 2021-9-18 13:49

红米饭1234 发表于 2021-9-18 10:54
有没有molpor的out输出文件数据解读呀？能量和频率

这是脚本生成的.gau.log文件，有每一帧的能量信息和最后一帧的频率信息。
(, 下载次数 Times of downloads: 60)

作者
Author: beefly 时间: 2021-9-18 14:09
molpro的简正模式和gaussian、gamess等程序的简正模式不一样，需要做归一化处理

作者
Author: Freeman 时间: 2021-9-18 15:39

beefly 发表于 2021-9-18 14:09
molpro的简正模式和gaussian、gamess等程序的简正模式不一样，需要做归一化处理

原来如此

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2021-9-23 12:31
BAGEL是不是免费的？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-9-23 12:43
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-23 12:55 编辑

一颗赛艇发表于 2021-9-23 12:31
BAGEL是不是免费的？

免费开源，github上直接下载

作者
Author: 慢半拍的小陈 时间: 2021-11-25 16:09
(, 下载次数 Times of downloads: 57) (, 下载次数 Times of downloads: 57) 您好我用这个脚本把molpro柔性扫描log文件，转换了一下。用这个脚本不能观看扫描曲线，是为什么呢？

作者
Author: Freeman 时间: 2021-11-25 16:18

慢半拍的小陈发表于 2021-11-25 16:09
您好我用这个脚本把molpro柔性扫描log文件，转换了一下。用这个脚本不能观看扫描曲线，是为什么呢？

不好意思，这个脚本只能转换几何优化和振动分析的输出文件，不能转换扫描的。因为现在我没有molpro的版权，所以也没法往里面加功能。抱歉

作者
Author: 慢半拍的小陈 时间: 2021-11-25 16:20

Freeman 发表于 2021-11-25 16:18
不好意思，这个脚本只能转换几何优化和振动分析的输出文件，不能转换扫描的。因为现在我没有molpro的版权 ...

好的，非常感谢您回复，那我做优化的时候可以用这个脚本【赞赞赞】。

作者
Author: cwdong8309 时间: 2022-7-1 14:05
谢谢感谢楼主分享

作者
Author: Freeman 时间: 2022-7-2 12:19
经 @慢半拍的小陈测试，这个脚本好像不能显示虚频，只能显示实频。因为我现在没有molpro的版权，所以没法修复这个bug。请用这个脚本的朋友们留意一下哈。

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