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标题: annealing过程温度没有按照设置值变化 [打印本页]
作者
Author: jimulation    时间: 2020-12-30 15:00
标题: annealing过程温度没有按照设置值变化
NPT阶段采用annealing进行升温，设置了2ps从0K升到200K，实际发现温度不是线性增大，而是初始经历了陡增。
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mdp的参数如下。
  1. title                = npt for xn's system
  2. ; Run parameters
  3. integrator        = md                ; leap-frog integrator
  4. nsteps                = 5000                ; 5 ps
  5. dt                = 0.001                ; 1 fs
  6. ; Output control
  7. nstxout                = 10000                ; save coordinates every 1 ns
  8. nstvout                = 10000                ; save velocities every 1 ns
  9. nstenergy        = 10                ; save energies every 1 ns
  10. nstlog                = 100                ; update log file every 1 ns
  11. ; Bond parameters
  12. continuation        = no                ; first dynamics run
  13. constraint_algorithm  = lincs        ; holonomic constraints
  14. constraints        = none                ; all angles constrained
  15. lincs_iter      = 1                ; accuracy of LINCS
  16. lincs_order     = 4                ; also related to accuracy
  17. ; Neighborsearching
  18. cutoff-scheme   = Verlet
  19. rlist           = 1.2
  20. ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
  21. nstlist                = 10                ; 10 fs, largely irrelevant with Verlet
  22. rcoulomb        = 1.2                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
  23. rvdw                = 1.2                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
  24. ; Electrostatics
  25. coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
  26. pme_order        = 4                ; cubic interpolation
  27. fourierspacing        = 0.12                ; grid spacing for FFT
  28. ; Temperature coupling is on
  29. tcoupl                = v-rescale        ; modified Berendsen thermostat
  30. tc-grps                = system        ; two coupling groups - more accurate
  31. tau_t                = 0.2                ; time constant, in ps
  32. ref_t                = 298.15        ; reference temperature, one for each group, in K
  33. ; Pressure coupling is on
  34. pcoupl                = berendsen        ; Pressure coupling on in NPT
  35. pcoupltype        = isotropic                    ; uniform scaling of box vectors
  36. tau_p                = 0.5                            ; time constant, in ps
  37. ref_p                = 1.0                            ; reference pressure, in bar
  38. compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility, bar^-1
  39. refcoord_scaling = no
  40. ;Simulated annealing
  41. annealing                = single
  42. annealing-npoints        = 3
  43. annealing-time                = 0        1        2
  44. annealing-temp                = 0        100        200
  45. ; Periodic boundary conditions
  46. pbc                = xyz                ; 3-D PBC
  47. ; Dispersion correction
  48. DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
  49. ; Velocity generation
  50. ;gen_vel        = yes                ; Velocity generation is off
  51. ;gen_temp        = 0
  52. ;gen_seed        = -1
复制代码


尝试了不同的ref_t、tau_t，以及把gen_vel部分打开或关掉，都还是有这个问题。所以来求助各位，谢谢大家！



作者
Author: liuyuje714    时间: 2020-12-30 15:48
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-12-30 16:05 编辑

啥体系，最好弄个简单体系测试下，比如纯水的。
作者
Author: jimulation    时间: 2020-12-31 11:32
liuyuje714 发表于 2020-12-30 15:48
啥体系，最好弄个简单体系测试下，比如纯水的。

我测试一下，有可能是盒子初始时压缩导致了升温



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