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标题: 求助，为什么gmx tutorials的mdp文件，npt与md压浴方式不同 [打印本页]

作者
Author: rookie 时间: 2020-12-31 00:37
标题: 求助，为什么gmx tutorials的mdp文件，npt与md压浴方式不同
老师们，我看了看官网的教程，为什么那个蛋白与配体的npt用的是berendsen压浴，到md的时候却用的是PR压浴，这难道不矛盾吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-31 18:07
表述不当。本来NPT就是MD用的系综的一种，哪能和MD并列来说
另外，那教程存在一些不妥之处，不要盲目效仿。

切换压浴那是平衡相和产生相之间才需要切换（虽然不切换而一直用Berendsen压浴并无显著实际问题）
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作者
Author: karme 时间: 2021-1-3 14:58

sobereva 发表于 2020-12-31 18:07
表述不当。本来NPT就是MD用的系综的一种，哪能和MD并列来说
另外，那教程存在一些不妥之处，不要盲目效仿 ...

谢谢sob大，好想去听sob大的动力学培训，可惜上一次抢不到，难过

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