计算化学公社

标题: 请问丝氨酸SER去质子化后的符号是什么呀？ [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-12-31 11:09
标题: 请问丝氨酸SER去质子化后的符号是什么呀？
如题，请问丝氨酸SER去质子化后的符号是什么呀？去质子化后的pdb文件放进amber的tleap后又被加氢了，怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-31 17:57
leap里载入的AMBER力场里各种氨基酸符号是什么去看dat\leap\lib里的氨基酸的.lib文件便知

SER没有专门的去质子化状态的名字，本来SER在中性环境下就不是侧链带电的残基。

作者
Author: hyr95 时间: 2021-1-2 10:29

sobereva 发表于 2020-12-31 17:57
leap里载入的AMBER力场里各种氨基酸符号是什么去看dat\leap\lib里的氨基酸的.lib文件便知

SER没有专门的 ...

那请问老师，当丝氨酸侧链的氧进攻底物的碳时，丝氨酸要去质子化吗？

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-1-2 10:38

hyr95 发表于 2021-1-2 10:29
那请问老师，当丝氨酸侧链的氧进攻底物的碳时，丝氨酸要去质子化吗？

你用力场为什么会有进攻的问题

作者
Author: hyr95 时间: 2021-1-3 16:35

k64_cc 发表于 2021-1-2 10:38
你用力场为什么会有进攻的问题

有反应，qm部分

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-3 17:31

hyr95 发表于 2021-1-3 16:35
有反应，qm部分

这种情况下自定义成一个非天然氨基酸比较好吧

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-1-4 00:14

hyr95 发表于 2021-1-3 16:35
有反应，qm部分

amber自定义非标准残基非常非常非常方便，考虑一下？

作者
Author: hyr95 时间: 2021-1-28 11:06

k64_cc 发表于 2021-1-4 00:14
amber自定义非标准残基非常非常非常方便，考虑一下？

好的，谢谢~

作者
Author: TMULYU 时间: 2022-1-11 14:14

hyr95 发表于 2021-1-28 11:06
好的，谢谢~

你好请问解决了吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)