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标题: 蛋白配体的rmsd计算，应该怎么选组？ [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2020-12-31 11:18
标题: 蛋白配体的rmsd计算，应该怎么选组？
对蛋白与配体进行rmsd计算。由于我想研究配体对蛋白的影响，只想看蛋白的rmsd。

我觉得第一个组应该选protein_zinc（蛋白＋配体进行align，消平动和转动），然后输出protein
但是学姐说应该直接对backbone进行align，然后输出backbone.
甚至有相关文献是输出阿尔法-C，这有道理吗？我总觉得不对。

老师，我想研究配体对蛋白的影响，应该怎么选呢？
1. backbone    backbone
2. protein       protein
3.protein_zinc protein
4.protein_zinc backbone
5.backbone    α-C

麻烦各位老师了，谢谢！！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-31 17:52
看具体问题
如果目的是研究对蛋白质骨架结构的影响，两次都选backbone

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