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标题: 文献模拟分子势能面扫描图像趋势一致但最低点异常 [打印本页]

作者
Author: zhangyingzi 时间: 2020-12-31 11:21
标题: 文献模拟分子势能面扫描图像趋势一致但最低点异常
本帖最后由 zhangyingzi 于 2020-12-31 16:42 编辑

老师好，最近在模拟一篇angew文章，文献上对分子内二面角柔性扫描的角度和势能关系如下图1所示，分子结构也在图1中有显示。但我进行模拟的过程中发现我的能量和角度之间的变化趋势和文献中一致，但出现最小能量的位置却和文献有显著差异，我进行各种尝试，柔性扫描的结果依旧如下图2所示，刚性扫描如图3。我想请问一下，这篇文献中的图片是否可能有误？或者是出现这种结果我可能出问题的地方会在哪里？请老师指点一下。
文献链接如下： https://doi.org/10.1002/anie.202011521柔性扫描输入及输出文件见附件

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-31 18:37
先把计算级别和人家统一了再说，人家根本没带弥散函数。
从截图上也没看到对方带了溶剂模型

写scf=(maxcycl=500,nosymm)毫无意义

作者
Author: zhangyingzi 时间: 2021-1-1 18:03
本帖最后由 zhangyingzi 于 2021-1-1 18:11 编辑

sobereva 发表于 2020-12-31 18:37
先把计算级别和人家统一了再说，人家根本没带弥散函数。
从截图上也没看到对方带了溶剂模型

不好意思老师，我尝试太多次，导致文件上传有点问题。其中除去溶剂和更改弥散函数与文献一致，最终的结果还是跟之前一样.......输出文件请参考附件。 (, 下载次数 Times of downloads: 27)
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作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-1-1 22:03
你跟文献里的哪里不一样了。。。。

作者
Author: zhangyingzi 时间: 2021-1-2 15:21
本帖最后由 zhangyingzi 于 2021-1-2 15:54 编辑

喵星大佬发表于 2021-1-1 22:03
你跟文献里的哪里不一样了。。。。

(, 下载次数 Times of downloads: 19) [attach]31352[/attach]
我好像懂了，我们的一个周期360度设置的起点不一样，如果将我的半个周期360度到540度之间等效成图1中的0度-180度，我们的图片趋势其实是完全一样的了，感谢感谢。
但是现在还有一点是文献中图一的纵坐标是怎么来的？我得纵坐标变换成和文献中一样的单位后，纵坐标数值范围也不是0-3啊？如果想变成0-3，我必须同时给它们加上一个相同的正整数693.283，相当于同时向上平移，但为什么要做这样的处理呢？拜托赐教一下......

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-1-2 16:54

zhangyingzi 发表于 2021-1-2 15:21
我好像懂了，我们的一个周期360度设置的起点不一样，如果将我的半个周期360度到540度之间等效成图1中的 ...

本来就是比的相对能量，0点是你自己定的

作者
Author: zhangyingzi 时间: 2021-1-2 18:19

喵星大佬发表于 2021-1-2 16:54
本来就是比的相对能量，0点是你自己定的

我明白了，感谢感谢

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