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标题: 想搜索双金属原子团簇(例如NiFe,原子数大于10),求推荐合适的软件，molclus适合吗？ [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-31 17:34
标题: 想搜索双金属原子团簇(例如NiFe,原子数大于10),求推荐合适的软件，molclus适合吗？
本帖最后由风飞于 2021-1-19 16:45 编辑

老师，您好，
我想构建NiFe体系的合金团簇（一共大约有50个原子)研究其催化性能，拟计划使用molclus来进行合金体系构相搜索，然后用高斯进行结构优化，然后研究其催化性能，请问老师对于这类较多的金属原子团簇，molclus适合吗？我之前看到文献中有些是用分子动力学得到的团簇结构，例如CP2K. 似乎也有蒙特卡洛

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-31 17:38
原理上可以用。但是这类体系SCF收敛难度极高（尤其是初始结构偏离平衡结构较大的时候），要有心理准备。
具体是否可行看你具体用什么量化程序什么计算级别实现

作者
Author: 风飞 时间: 2020-12-31 18:07
本帖最后由风飞于 2020-12-31 18:30 编辑

sobereva 发表于 2020-12-31 17:38
原理上可以用。但是这类体系SCF收敛难度极高（尤其是初始结构偏离平衡结构较大的时候），要有心理准备。
...

抱歉，我刚刚太心急了，没有找到对应的molclu板块，给您添麻烦了

嗯，好的谢谢老师，那我先试试，
请问在进行合金团簇构(NiFe)相搜索的时候，是使用molclus自带的genmer 还是xtb合适呢？
此外，在molclus中，有一个设定是：distmax：n=(如果结构中任意两个原子间的距离超过n埃则跳过这一帧)。请问对于我的这样的一个原子团簇（Ni Fe），您的建议值是？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 00:04

风飞发表于 2020-12-31 18:07
抱歉，我刚刚太心急了，没有找到对应的molclu板块，给您添麻烦了

嗯，好的谢谢老师，那我先试试，

genmer

不用管这个，保持默认的999就行了

作者
Author: 风飞 时间: 2021-1-19 16:29

sobereva 发表于 2021-1-2 00:04
genmer

不用管这个，保持默认的999就行了

老师，您好，我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索，设置构象搜索的数目为50，然后使用BP86/SDD 进行结构优化，结果都不收敛

，，请问老师：如果我想搜索合金团簇(NiFe,Ni+Fe=10个原子)，请问您推荐的软件是？

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Author: zjxitcc 时间: 2021-1-19 17:01

风飞发表于 2021-1-19 16:29
老师，您好，我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索，设置构象搜索的数目为50，然后使用BP86/ ...

手动提交计算都大概率碰到SCF不收敛问题，别提自动搜索了

作者
Author: 风飞 时间: 2021-1-19 17:20

zjxitcc 发表于 2021-1-19 17:01
手动提交计算都大概率碰到SCF不收敛问题，别提自动搜索了

嗯，我看到有些文章已经优化出Ni10的团簇结构，想使用Fe去替换Ni10团簇中的原子，但我又怕不能获得最佳的结构，因为这样感觉人为因素太大了

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Author: wzkchem5 时间: 2021-1-19 19:21

风飞发表于 2021-1-19 17:20
嗯，我看到有些文章已经优化出Ni10的团簇结构，想使用Fe去替换Ni10团簇中的原子，但我又怕不能获得最佳的 ...

可以考虑加个Fermi smearing，对于这种体系可以明显加速收敛，但是会引入一定误差（计算得到的是非零温度下的电子自由能，不是0K下的电子能）。用加了Fermi smearing的结果筛出一些最稳定结构，再在0K下计算能量，做进一步的筛选。

作者
Author: 风飞 时间: 2021-1-19 19:40

wzkchem5 发表于 2021-1-19 19:21
可以考虑加个Fermi smearing，对于这种体系可以明显加速收敛，但是会引入一定误差（计算得到的是非零温度 ...

请问是指在高斯输入文件中加入scf=Fermi吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 12:49

风飞发表于 2021-1-19 16:29
老师，您好，我尝试用molclus结合genmer进行NiFe团簇结构的搜索，设置构象搜索的数目为50，然后使用BP86/ ...

先用molclus+xtb做个预优化，然后再用molclus调用Gaussian/ORCA在DFT下去优化。初始结构越好SCF越容易收敛。
并且Gaussian里可以带着IOp(5/13=1)，这样在结构还不是很理想因此SCF很难收敛的初期能够凑合跑过去（但g16不行）。最后自己检验一下每个备份出的文件优化最后一步收敛的时候SCF收敛到了什么情况

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-1-22 13:00
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-1-22 13:10 编辑

不建议用IOp(5/13=1)，这个远不如用nosymm scf(xqc,maxcycle=128) stable=opt可靠（但stable=opt不能与opt freq联用，必须先带stable=opt算单点，然后读取波函数做opt freq），收敛的稳定解（尽管可能不是全局最低解，但）一定比不收敛的解可靠。虽然sob老师说了“最后自己检验一下每个备份出的文件优化最后一步收敛的时候SCF收敛到了什么情况”，实际情况很多用户可能看不报错，就压根不检查计算过程了

或者看了但不知道SCF收敛到了什么情况

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