计算化学公社

标题: freq中断后，我又续算，但又在相同的地方停了，是什么原因呢? [打印本页]
作者
Author: abc_xin    时间: 2021-1-1 22:54
标题: freq中断后，我又续算，但又在相同的地方停了，是什么原因呢?
第一次在这里中断了：
AX will form    45 AO Fock derivatives at one time.
    357 vectors produced by pass  1 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.76D+01 1.10D+00.
    357 vectors produced by pass  2 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.44D-01 8.81D-02.
    356 vectors produced by pass  3 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 5.45D-03 5.76D-03.
    354 vectors produced by pass  4 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.29D-05 3.90D-04.
    354 vectors produced by pass  5 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.50D-07 2.23D-05.
    349 vectors produced by pass  6 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.09D-10 1.03D-06.
    326 vectors produced by pass  7 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.89D-12 6.24D-08.
    303 vectors produced by pass  8 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.34D-13 1.32D-08.
    296 vectors produced by pass  9 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.17D-13 1.16D-08.
    292 vectors produced by pass 10 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.33D-13 1.11D-08.
    289 vectors produced by pass 11 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.00D-13 9.14D-09.
    273 vectors produced by pass 12 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.42D-13 1.14D-08.
    270 vectors produced by pass 13 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.57D-13 8.50D-09.
    267 vectors produced by pass 14 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.43D-13 8.10D-09.
    257 vectors produced by pass 15 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.16D-13 7.80D-09.
    248 vectors produced by pass 16 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.15D-13 6.46D-09.
    242 vectors produced by pass 17 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.17D-13 6.09D-09.
    231 vectors produced by pass 18 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.07D-13 7.07D-09.
    204 vectors produced by pass 19 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.61D-14 6.37D-09.
    189 vectors produced by pass 20 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.87D-14 4.79D-09.
    169 vectors produced by pass 21 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.99D-14 4.20D-09.
    149 vectors produced by pass 22 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.56D-14 3.99D-09.
    142 vectors produced by pass 23 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.15D-14 3.66D-09.
    121 vectors produced by pass 24 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.84D-14 3.26D-09.
    101 vectors produced by pass 25 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.16D-14 3.17D-09.
     92 vectors produced by pass 26 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.52D-14 3.43D-09.
     85 vectors produced by pass 27 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.01D-14 2.92D-09.
     81 vectors produced by pass 28 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.03D-14 2.76D-09.
     74 vectors produced by pass 29 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.87D-14 2.63D-09.
     64 vectors produced by pass 30 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.64D-14 2.34D-09.
     58 vectors produced by pass 31 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.83D-14 2.55D-09.
     52 vectors produced by pass 32 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.75D-14 2.49D-09.
     42 vectors produced by pass 33 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.39D-14 3.26D-09.
     36 vectors produced by pass 34 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.75D-14 2.57D-09.
     30 vectors produced by pass 35 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.72D-14 2.69D-09.
     21 vectors produced by pass 36 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.01D-14 2.12D-09.
     21 vectors produced by pass 37 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.26D-14 1.98D-09.
     19 vectors produced by pass 38 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.03D-14 1.73D-09.
     19 vectors produced by pass 39 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.96D-14 2.56D-09.
     19 vectors produced by pass 40 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.47D-14 2.13D-09.
     19 vectors produced by pass 41 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.50D-14 2.60D-09.
     19 vectors produced by pass 42 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.26D-14 1.98D-09.
     19 vectors produced by pass 43 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.79D-14 2.39D-09.
     19 vectors produced by pass 44 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.09D-14 2.24D-09.
     17 vectors produced by pass 45 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.66D-15 1.66D-09.
     17 vectors produced by pass 46 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.23D-14 2.02D-09.
     17 vectors produced by pass 47 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.06D-14 2.68D-09.
     16 vectors produced by pass 48 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.43D-15 1.58D-09.
     16 vectors produced by pass 49 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.28D-14 2.48D-09.
     16 vectors produced by pass 50 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.12D-14 2.03D-09.
     16 vectors produced by pass 51 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.36D-14 2.32D-09.
     16 vectors produced by pass 52 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.04D-14 2.04D-09.
     16 vectors produced by pass 53 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.18D-14 2.32D-09.
     16 vectors produced by pass 54 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.11D-14 1.93D-09.
     16 vectors produced by pass 55 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.05D-14 2.00D-09.
     11 vectors produced by pass 56 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.59D-15 1.70D-09.
     11 vectors produced by pass 57 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.42D-14 2.25D-09.
     11 vectors produced by pass 58 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.93D-15 1.74D-09.
     11 vectors produced by pass 59 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.91D-15 1.79D-09.
     11 vectors produced by pass 60 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.95D-15 1.71D-09.
     11 vectors produced by pass 61 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.54D-14 2.51D-09.
      8 vectors produced by pass 62 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.44D-15 1.53D-09.
      8 vectors produced by pass 63 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.90D-15 1.72D-09.
      8 vectors produced by pass 64 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.33D-14 2.20D-09.
      8 vectors produced by pass 65 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.30D-14 2.27D-09.
      8 vectors produced by pass 66 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.49D-15 1.63D-09.
      8 vectors produced by pass 67 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.39D-14 2.47D-09.
      8 vectors produced by pass 68 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.44D-14 2.11D-09.
      8 vectors produced by pass 69 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.11D-14 2.02D-09.
      8 vectors produced by pass 70 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.12D-14 2.00D-09.
      8 vectors produced by pass 71 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.32D-15 1.73D-09.
      8 vectors produced by pass 72 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 9.23D-15 2.01D-09.
      7 vectors produced by pass 73 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.92D-15 1.57D-09.
      7 vectors produced by pass 74 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.09D-14 2.13D-09.
      7 vectors produced by pass 75 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.73D-15 1.67D-09.
      7 vectors produced by pass 76 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.90D-15 1.49D-09.
      7 vectors produced by pass 77 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.34D-14 2.34D-09.
      7 vectors produced by pass 78 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.13D-14 1.99D-09.
      7 vectors produced by pass 79 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 9.23D-15 1.90D-09.
      7 vectors produced by pass 80 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.41D-15 1.74D-09.
      7 vectors produced by pass 81 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.95D-15 2.06D-09.
      7 vectors produced by pass 82 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.13D-14 2.03D-09.
      5 vectors produced by pass 83 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.85D-15 1.83D-09.
Applied DIIS recursively to reduced A of dimension  8050.
然后我续算，又在这里断了：
Skip MakeAB in pass 1 during restart.
          There are   357 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
Restart CPHF post-processing.
Applied DIIS recursively to reduced A of dimension  8050.
大家知道是什么原因么？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-1 23:56
最好上传输入文件

可尝试其它版本或其它平台的Gaussian，也可以尝试修改并行核数和内存分配量
作者
Author: abc_xin    时间: 2021-1-2 07:55
谢谢sob老师。我修改了并行核数和内存之后，还是在同样的地方终止。
下面的是我的原始输入文件：
  1. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  2. %mem=8GB
  3. %nprocshared=20
  4. #p M062X/6-31+g(d,p) Opt Freq

  6. CHQ-QT

  8. 0 1
  9. Cl                 0.08123265    2.80015032   -2.65145680
  10. O                 -0.08782319   -0.07353858    0.67681834
  11. N                 -0.70122553   -3.51949092    1.92890958
  12. N                  0.09387934   -4.00313120   -2.31616497
  13. N                  2.95283854   -1.10791375   -1.17691828
  14. C                 -0.22378662   -5.44457687   -0.31993117
  15. C                 -1.60474244   -4.90553130    0.05576349
  16. C                  0.07315397   -5.37944680   -1.82771352
  17. C                 -1.69616810   -4.51316236    1.53131030
  18. C                 -1.00992965   -2.19282374    1.41167097
  19. C                 -0.93156219   -6.16754822   -2.66160151
  20. C                 -0.51040063   -3.51753635    3.38032907
  21. C                  1.00552925   -3.06601210   -1.90988631
  22. C                  0.22655807   -1.30408657    1.30368565
  23. C                  0.40725759   -4.64137993    3.84856382
  24. C                  0.74815869   -1.66273204   -2.11069257
  25. C                  2.21600031   -3.40811925   -1.32134690
  26. C                  1.76305554   -0.74082833   -1.73310655
  27. C                 -0.46438451   -1.15540907   -2.64257359
  28. C                  3.13569452   -2.39559819   -0.98815372
  29. C                  1.54580254    0.64885785   -1.92087862
  30. C                 -0.66553911    0.19255671   -2.80573879
  31. C                  0.36071266    1.08935949   -2.44047244
  32. H                  0.52715205   -4.85540645    0.21768608
  33. H                 -0.11987123   -6.48444445    0.01713244
  34. H                 -1.84174957   -4.03402378   -0.56785489
  35. H                 -2.38599360   -5.64756877   -0.14812904
  36. H                  1.06723583   -5.80729721   -2.00704404
  37. H                 -2.71946359   -4.15860294    1.76229924
  38. H                 -1.53168029   -5.41121831    2.13700112
  39. H                 -0.78891228   -3.65657750   -2.65789184
  40. H                 -1.78962830   -1.69071547    2.02181370
  41. H                 -1.41215933   -2.28192185    0.39729704
  42. H                 -1.93652963   -5.73836101   -2.57492726
  43. H                 -0.64638171   -6.16589036   -3.71674353
  44. H                 -0.98204743   -7.20272322   -2.31365809
  45. H                 -1.48613920   -3.57170817    3.90037191
  46. H                 -0.06221442   -2.56192513    3.66609392
  47. H                  0.69430334   -1.13546375    2.28305748
  48. H                  0.96562358   -1.79935058    0.66792850
  49. H                  0.00747392   -5.62822589    3.59905430
  50. H                  1.38662942   -4.54372988    3.37245978
  51. H                  0.53772420   -4.60191336    4.93400174
  52. H                  2.47558213   -4.44020485   -1.12062143
  53. H                 -1.27074258   -1.82263295   -2.93334961
  54. H                  4.08389107   -2.68321740   -0.53620252
  55. H                  2.33194965    1.33212794   -1.62101998
  56. H                 -1.59668037    0.57591503   -3.20761451
  57. H                 -0.62593994    0.46075898    1.27100633
  58. O                 -2.10516705    4.09314251    0.08672285
  59. O                  1.21062595    4.91192951   -1.13445515
  60. O                 -4.02789805    5.28942151    0.28846085
  61. O                  2.46751595    3.78646651    0.37820585
  62. O                 -7.47030305    4.21260151    0.14542685
  63. O                  0.20420395    7.47838451   -0.21438315
  64. O                 -3.99357405    2.71387851   -1.40659815
  65. O                  5.16167595    5.92827151   -0.00329515
  66. O                  4.85576695    2.35405851   -0.46107315
  67. O                 -1.34295005    1.60570451   -0.71071315
  68. O                 -8.49355205    2.20327951   -0.11641215
  69. O                 -7.58313405    6.68473651    1.55921385
  70. O                  4.61981495    2.57679851    2.97551585
  71. N                 -2.67897205    7.66446651   -0.50267115
  72. N                  3.33973795    3.75733751   -2.38347015
  73. N                 -6.01386605    0.92159051   -0.56595915
  74. C                  0.05495495    5.04873851   -0.32002815
  75. C                 -0.61250405    6.38941651   -0.61560615
  76. C                 -2.00689605    6.48248051    0.00515785
  77. C                 -2.80799305    5.23809951   -0.36264515
  78. C                 -0.90372205    3.90166151   -0.63514515
  79. C                 -5.11774005    4.58965551   -0.31161215
  80. C                  2.42406695    4.92558451   -0.45342115
  81. C                  3.54193195    4.90113951   -1.49392015
  82. C                 -4.90463805    3.07180251   -0.38336515
  83. C                 -6.32987305    4.93161951    0.56867785
  84. C                  4.89320695    4.76418251   -0.76637315
  85. C                 -6.21732905    2.35474251   -0.69687015
  86. C                  4.87122895    3.58633051    0.22144685
  87. C                  3.66446995    3.72999451    1.15259585
  88. C                 -0.37067405    2.53917651   -0.25537515
  89. C                 -7.30219405    2.81511951    0.25642785
  90. C                 -6.68230005    6.40323451    0.50414885
  91. C                  3.51259695    2.54900151    2.09194185
  92. H                  0.33205395    4.98904751    0.74330985
  93. H                 -0.70721005    6.49163851   -1.70414215
  94. H                 -1.90178905    6.46299351    1.10665485
  95. H                 -2.95146805    5.17703851   -1.45503615
  96. H                 -1.11507105    3.90069451   -1.71965315
  97. H                 -5.27548005    4.97042551   -1.33383515
  98. H                  2.51697395    5.83142151    0.16838985
  99. H                  3.51073795    5.87000351   -2.02000915
  100. H                 -4.53888605    2.72924051    0.59585085
  101. H                 -6.08282805    4.67570751    1.61294785
  102. H                  5.68860595    4.57818051   -1.50291515
  103. H                 -6.54046405    2.66698851   -1.70480015
  104. H                  5.78156295    3.62085451    0.82681485
  105. H                  0.60365595    2.37588951   -0.72789015
  106. H                 -0.25226605    2.49082651    0.83515085
  107. H                 -7.03243505    2.56254851    1.29795685
  108. H                 -2.07383605    8.47631151   -0.42006415
  109. H                 -3.52851505    7.84053451    0.02335385
  110. H                 -7.13677405    6.59893951   -0.47655215
  111. H                 -5.76335605    6.99357451    0.60173585
  112. H                  0.28257095    7.46914651    0.74881585
  113. H                  3.49055795    1.62981151    1.49620285
  114. H                  2.56559295    2.65003751    2.63889585
  115. H                  3.95823395    3.81474151   -3.18713515
  116. H                  2.38226895    3.75716651   -2.72543415
  117. H                 -5.27665705    0.64019051   -1.20623315
  118. H                 -6.86426405    0.43204251   -0.82853515
  119. H                 -3.14682205    2.44790351   -1.01440815
  120. H                  5.30670095    6.67797051   -0.59111915
  121. H                  4.16095195    2.41512651   -1.14294015
  122. H                 -1.14452305    0.72681951   -0.37329915
  123. H                 -9.19846405    2.53337451    0.45379285
  124. H                 -8.02484205    7.52195551    1.38911985
  125. H                  4.79535395    1.68925151    3.30042185
  126. H                  3.77494295    4.65358951    1.74184185

复制代码
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-1-2 10:36
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 11:50 编辑

emmmm，为什么用6-31+G**？？用弥散函数远不如加一层ζ数，后者计算量小而结果好，因为新加的一层ζ本来就衰减较慢，有一定的弥散性质。
参见：谈谈量子化学中基组的选择 - http://sobereva.com/336 3.10 乱用弥散函数的问题
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-1-2 10:42
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 11:50 编辑

另外，你的结构严重不合理！Cl11和H88没有成键，居然距离只有1.87埃！Cl11和H97没有成键，居然距离只有2.04埃！
如果结构不是在驻点，那么频率的计算就毫无意义（除了指导结构优化，但你这个结构太差了，肯定很不稳定，也不像是鞍点结构，不需要算频率）。我建议你，如果不是就想要算这个结构的频率的话，先用力场或者半经验方法先预优化一下，再优化、计算频率。如果担心这些方法没法很好地描述氢键的话，可以把氢键相关的键长等冻住再做优化。
作者
Author: abc_xin    时间: 2021-1-2 11:30
北大-陶豫 发表于 2021-1-2 10:42
另外，你的结构严重不合理！Cl11和H88没有成键，居然距离只有1.87埃！Cl11和H97没有成键，居然距离只有2.04 ...

好的，谢谢。
研一新生，打算先熟悉一下量化的流程，就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质，文献中是算他们的复合物，我用Gaussview把两个单体化合物靠近然后导出输入文件算的。是因为这个原因么？如果不对的话，该怎么得到复合物的初始结构呢？
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-1-2 11:35
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:30
好的，谢谢。
研一新生，打算先熟悉一下量化的流程，就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质 ...

我常用的几种预优化：
（1）GView 的 Clean 功能，很快但也最差，不成键的原子的距离它根本不管，有时候优化到很荒谬的距离。
（2）Chem3D 的 MM2，快，精度还可以接受，能考虑氢键。
（3）opt freq pm6，建议你这个体系把氢键键长冻住。
作者
Author: abc_xin    时间: 2021-1-2 11:44
北大-陶豫 发表于 2021-1-2 11:35
我常用的几种预优化：
（1）GView 的 Clean 功能，很快但也最差，不成键的原子的距离它根本不管，有时候 ...

好的，谢谢。
我尝试一下
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-1-2 11:46
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 13:45 编辑
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:44
好的，谢谢。
我尝试一下

我给你准备好输入文件了。用的初始结构是你的结构用Chem3D里的MM2优化出来的结构。
  1. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  2. %mem=8GB
  3. %nprocshared=20
  4. #p Opt=ModRedundant pm6

  6. pm6 Pre-Optimization

  8.   0  1
  9. Cl 0    2.796757    2.035160   -3.592910
  10. O 0    0.060921    0.001434    1.119949
  11. N 0   -2.722716   -2.292283    1.961689
  12. N 0   -0.695600   -3.271500   -1.853170
  13. N 0    2.563254   -1.588030   -0.330686
  14. C 0   -2.197173   -4.391807   -0.156588
  15. C 0   -3.336349   -3.363737   -0.260997
  16. C 0   -1.363078   -4.537828   -1.442026
  17. C 0   -3.788746   -2.833418    1.116361
  18. C 0   -1.967117   -1.246872    1.276375
  19. C 0   -2.223120   -5.027070   -2.619535
  20. C 0   -3.241742   -1.808070    3.240155
  21. C 0    0.344113   -2.726104   -1.356079
  22. C 0   -0.724158   -0.758535    2.018050
  23. C 0   -4.012957   -2.856781    4.059047
  24. C 0    0.858445   -1.586942   -1.876824
  25. C 0    0.993247   -3.254903   -0.303083
  26. C 0    1.981871   -1.068193   -1.329922
  27. C 0    0.326910   -0.938935   -2.934009
  28. C 0    2.086359   -2.643090    0.170322
  29. C 0    2.556278    0.031444   -1.851691
  30. C 0    0.900736    0.156573   -3.456841
  31. C 0    2.030633    0.639497   -2.923495
  32. H 0   -0.477684    0.731233    0.802445
  33. H 0   -1.127141   -2.779911   -2.671264
  34. H 0   -1.512792   -4.110693    0.673863
  35. H 0   -2.623067   -5.381134    0.134745
  36. H 0   -3.043274   -2.521253   -0.925523
  37. H 0   -4.208480   -3.834326   -0.775900
  38. H 0   -0.570316   -5.311059   -1.287986
  39. H 0   -4.589785   -2.070564    0.967100
  40. H 0   -4.259320   -3.707867    1.625296
  41. H 0   -2.624871   -0.380390    1.044240
  42. H 0   -1.582168   -1.625884    0.303791
  43. H 0   -2.996760   -4.278397   -2.902408
  44. H 0   -1.595943   -5.210457   -3.522276
  45. H 0   -2.742654   -5.980599   -2.371244
  46. H 0   -3.893504   -0.914081    3.089617
  47. H 0   -2.390818   -1.487703    3.887587
  48. H 0   -0.970441   -0.088688    2.870933
  49. H 0   -0.098727   -1.609834    2.369696
  50. H 0   -5.019974   -3.069559    3.635153
  51. H 0   -3.444201   -3.812748    4.124825
  52. H 0   -4.185016   -2.497770    5.100312
  53. H 0    0.673025   -4.179141    0.200025
  54. H 0   -0.591327   -1.275775   -3.438839
  55. H 0    2.629318   -3.061762    1.034698
  56. H 0    3.482183    0.433067   -1.406824
  57. H 0    0.441216    0.649074   -4.330585
  58. O 0   -1.463713    3.603710    0.158120
  59. O 0    1.382885    5.382980   -1.157597
  60. O 0   -3.513812    4.156543    0.825397
  61. O 0    3.023921    4.180280   -0.243859
  62. O 0   -6.528600    2.180135    0.665290
  63. O 0    0.019896    7.360282    0.497678
  64. O 0   -3.033965    2.223793   -1.481404
  65. O 0    5.410037    6.750572   -0.330580
  66. O 0    5.186228    3.483858   -1.862676
  67. O 0   -0.256252    1.462303   -1.039647
  68. O 0   -7.121820    0.242541   -0.069230
  69. O 0   -7.249216    4.069335    2.589140
  70. O 0    5.708480    2.546073    1.515277
  71. N 0   -2.836706    6.978026    0.556910
  72. N 0    3.325243    5.296276   -2.966466
  73. N 0   -4.420791   -0.205964   -1.168641
  74. C 0    0.375087    5.094075   -0.222335
  75. C 0   -0.594716    6.269110   -0.146309
  76. C 0   -1.852422    5.888525    0.630350
  77. C 0   -2.434996    4.616095    0.043305
  78. C 0   -0.368726    3.835763   -0.677043
  79. C 0   -4.457547    3.354526    0.156433
  80. C 0    2.683856    5.496524   -0.618151
  81. C 0    3.613066    6.006998   -1.710092
  82. C 0   -3.869543    2.040884   -0.360427
  83. C 0   -5.577076    3.074457    1.174155
  84. C 0    5.079055    5.816835   -1.331630
  85. C 0   -4.983779    1.096499   -0.790211
  86. C 0    5.315751    4.410048   -0.805782
  87. C 0    4.311013    4.071079    0.285290
  88. C 0    0.495860    2.587165   -0.625887
  89. C 0   -5.961190    0.938269    0.345298
  90. C 0   -6.308731    4.352148    1.571715
  91. C 0    4.472441    2.662958    0.840881
  92. H 0    0.066381    7.180479    1.439770
  93. H 0   -2.122225    2.043417   -1.233616
  94. H 0    5.540509    7.614401   -0.728099
  95. H 0    4.271694    3.449543   -2.165301
  96. H 0    0.327762    0.698429   -1.148311
  97. H 0   -7.873961    0.769032    0.213209
  98. H 0   -7.717800    4.873977    2.823353
  99. H 0    5.861826    1.624646    1.737049
  100. H 0   -2.426942    7.861830    0.906477
  101. H 0   -3.640892    6.776697    1.176677
  102. H 0    3.799039    5.748816   -3.766866
  103. H 0    2.313351    5.344979   -3.178505
  104. H 0   -3.802004   -0.097398   -1.991164
  105. H 0   -5.175580   -0.846782   -1.469897
  106. H 0    0.794730    4.910971    0.793611
  107. H 0   -0.872138    6.600382   -1.174535
  108. H 0   -1.598739    5.728256    1.705852
  109. H 0   -2.754421    4.776004   -1.008684
  110. H 0   -0.729298    3.963119   -1.726421
  111. H 0   -4.894982    3.932377   -0.691804
  112. H 0    2.677848    6.172700    0.265356
  113. H 0    3.403722    7.087844   -1.899558
  114. H 0   -3.258692    1.569268    0.440340
  115. H 0   -5.132704    2.624324    2.095420
  116. H 0    5.747213    6.035733   -2.196379
  117. H 0   -5.506955    1.514561   -1.683963
  118. H 0    6.359678    4.319849   -0.425151
  119. H 0    4.406084    4.782908    1.140220
  120. H 0    1.352687    2.671586   -1.321660
  121. H 0    0.881759    2.389597    0.397452
  122. H 0   -5.546619    0.441885    1.248806
  123. H 0   -6.863134    4.790101    0.712286
  124. H 0   -5.619314    5.122134    1.983159
  125. H 0    4.451079    1.890908    0.043342
  126. H 0    3.672623    2.424163    1.577976

  128. B 24 59 F
  129. B 50 85 F
  130. B 85 59 F

  132. --LINK1--
  133. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  134. %mem=8GB
  135. %nprocshared=20
  136. #p Opt=NoFreeze freq M062X/6-311G** Geom=CheckPoint

  138. M062X/6-311G** opt freq job

  140. 0 1

复制代码
顺便吐槽一下，Chem3D 里的 MM2 认为这个结构比你的初始结构稳定 193 kcal/mol……可见你的初始结构有多么离谱……所以预优化是很重要的，要是拿你那个电子方法把你这个分子优化下来 193 kcal/mol 可能要两三天的机时，但我这边 MM2 预优化几分钟就好了。


作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-2 17:15
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:30
好的，谢谢。
研一新生，打算先熟悉一下量化的流程，就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质 ...

你这种做法没有丝毫意义，完全不具备最基本的量化计算常识
什么级别做振动分析，就得什么级别优化

别瞎算了

拿B3LYP-D3(BJ)/6-311G*做了优化再说振动分析的事。预优化可以用PM6-D3或者PM7。相关信息看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

另外建议看下文。没有常识下计算出的>99%的数据都是完全的垃圾数据，没有丝毫意义
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

作者
Author: abc_xin    时间: 2021-1-2 17:52
sobereva 发表于 2021-1-2 17:15
你这种做法没有丝毫意义，完全不具备最基本的量化计算常识
什么级别做振动分析，就得什么级别优化

好的，谢谢。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3