计算化学公社

标题: 求助：使用acpype调用Amber时出错 [打印本页]

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-1-2 10:29
标题: 求助：使用acpype调用Amber时出错
各位老师好，我在使用acpype生成一个含有硼原子的GROMACS拓扑文件时出现如下错误，这个提示是否说明Amber没有硼原子的信息？请教一下大家有没有推荐的力场或解决方法？谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 17:20
不支持硼

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-1-2 21:35

sobereva 发表于 2021-1-2 17:20
不支持硼

请问老师含有硼原子的纯有机小分子体系有合适的力场推荐吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-3 10:38

侧耳倾听发表于 2021-1-2 21:35
请问老师含有硼原子的纯有机小分子体系有合适的力场推荐吗

一般的有机力场，诸如GAFF、CGenFF等都不支持硼，有硼必须自己拟合参数。UFF虽然支持硼，但比较糙

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-1-3 11:47

sobereva 发表于 2021-1-3 10:38
一般的有机力场，诸如GAFF、CGenFF等都不支持硼，有硼必须自己拟合参数。UFF虽然支持硼，但比较糙

好的，谢谢老师指导！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)