计算化学公社

标题: 关于在显式溶剂下优化分子的问题 [打印本页]

作者
Author:
TMULYU    时间: 2021-1-2 16:28
标题: 关于在显式溶剂下优化分子的问题
Iwonder if some of the intramolecular H-bonding would survive in an aqueousenvironment e.g. in the presence of explicit water molecules. The H-bondingwith explicit water molecules would lead to shifts in some of the vibrationalmodes that were not observed in the single molecule gas-phase structure andthis might hamper the proposed identification of the different conformers.审稿人提出了如上的评论,然后我建立了显式水分子溶剂模型,可是在DFT优化时。一直出现l202报错。
想请教各位大神如何应对审稿人的这个建议   拜托了


作者
Author:
喵星大佬    时间: 2021-1-2 16:57
上输入输出文件
作者
Author:
TMULYU    时间: 2021-1-2 17:09
输出文件太大  我已上传图片
报错内容如下:
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.021390     0.000450     NO
RMS     Force            0.001826     0.000300     NO
Maximum Displacement          NaN     0.001800     YES
RMS     Displacement          NaN     0.001200     YES
Predicted change in Energy=          NaN
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

DSYEV returned Info=           2 IAlg= 2 N=     3 NDim=     3 NE2=           2.
Diagonalization in DiagDN failed.
Error termination via Lnk1e in /public/home/users/cauc001/g16/l202.exe at Sat Jan  2 02:13:42 2021.
Job cpu time:      46 days 20 hours  6 minutes 59.5 seconds.
Elapsed time:       1 days 11 hours 28 minutes 13.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    669 Int=      0 D2E=      0 Chk=     92 Scr=      1

作者
Author:
sobereva    时间: 2021-1-2 17:20
TMULYU 发表于 2021-1-2 17:09
输出文件太大  我已上传图片
报错内容如下:
         Item               Value     Threshold  Converg ...

输出文件压缩后再上传啊

B3LYP/3-21G还优化氢键复合物,完全是在搞笑
仔细看下文补充点最最最基本的常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3