计算化学公社

标题: 为什么acpype脚本处理不了带负离子的小分子？ [打印本页]

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-2 21:30
标题: 为什么acpype脚本处理不了带负离子的小分子？
之前用acpype脚本处理了一个中性小分子，得到了一个目录，里面含有需要的文件，处理的很成功。
后来用acpype脚本处理带一个负电荷的小分子，就行不通了，小白实在是不知道该怎么办，求大神指教。
附上小分子结构图，小分子文件，出现错误截图。

作者
Author: snljty 时间: 2021-1-2 22:10
加上-n -1试试

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-3 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化，指派电荷方法为user ，填-1

其实我觉得在线的速度也不错。并不会排队太久

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2021-1-3 14:57

牧生发表于 2021-1-3 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化，指派电荷方法为user ，填-1

个人感觉好像和任务提交时间有关。有的时候晚上提交第二天才能看到结果。白天提交可能秒出。猜测也许晚上西方国家的人也开始工作了？不过也说不好，有的时候晚上提交也秒出。不是很清楚

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-3 18:38

snljty 发表于 2021-1-2 22:10
加上-n -1试试

好的好的，我已经用在线的网站处理了，十分感谢您的解答！

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-3 18:40

牧生发表于 2021-1-3 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
使用在线转化，指派电荷方法为user ，填-1

嗯嗯我看到了你之前提问的“关于两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化”的问题，我下载了你的小分子文件，发现和我做的很像，可不可以加个微信或者qq咨询一下！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-4 07:01
本帖最后由牧生于 2021-1-4 07:02 编辑

黑择明发表于 2021-1-3 18:40
嗯嗯我看到了你之前提问的“关于两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化”的 ...

我想做的是表面活性剂自组装。

看我问过的那几个帖子，一定可以行得通的。

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-4 10:45

牧生发表于 2021-1-4 07:01
我想做的是表面活性剂自组装。

看我问过的那几个帖子，一定可以行得通的。

嗯嗯好的，我看了您之前的帖子。我最近也在做一个十二烷基苯磺酸负离子的表面活性剂自组装，请问您当时做的时候有没有在水盒子里加离子中和整个体系？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-4 11:18

黑择明发表于 2021-1-4 10:45
嗯嗯好的，我看了您之前的帖子。我最近也在做一个十二烷基苯磺酸负离子的表面活性剂自组装，请问您当时做 ...

当然需要加离子保持电中性。

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