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标题: 求助用于GMX中不同pH下的蛋白质的预处理问题 [打印本页]

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-1-4 10:34
标题: 求助用于GMX中不同pH下的蛋白质的预处理问题
大家好，我想请教下，想进行不同pH条件下的蛋白质与小分子配体的动力学模拟，在进行MD之前，蛋白质已经通过H++在线网站计算了各个氨基酸残基的pKa，图片中是最后的结果，有个最终的pdb文件，这个可以直接用于MD中产生拓扑么，还需要进行其他什么处理么？谢谢大家 (, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 13:43
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样，通常pdb2gmx都是带着-ignh用，氢会以默认规则自动加上
如果要按照H++判断的质子化态来跑，pdb2gmx里应当手动选择残基的质子化态

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-1-6 14:38

sobereva 发表于 2021-1-5 13:43
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样，通常pdb2gmx都是带着-ignh用，氢会以默认规则自动加上 ...

嗯呐谢谢Sob老师，这个后续是不是就会涉及到非标准化残基的处理呀

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-7 00:22

kiss小婕55 发表于 2021-1-6 14:38
嗯呐谢谢Sob老师，这个后续是不是就会涉及到非标准化残基的处理呀

不涉及

侧链能质子解离/结合质子的残基，不同质子化态都属于标准残基范畴

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-1-7 09:25

sobereva 发表于 2021-1-7 00:22
不涉及

侧链能质子解离/结合质子的残基，不同质子化态都属于标准残基范畴

嗯呐谢谢Sob老师

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-7-22 17:43

sobereva 发表于 2021-1-5 13:43
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样，通常pdb2gmx都是带着-ignh用，氢会以默认规则自动加上 ...

请问老师怎么在gmx pdb2gmx这一步手动选择残基的质子化状态呢，麻烦老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 03:31

芮啦发表于 2021-7-22 17:43
请问老师怎么在gmx pdb2gmx这一步手动选择残基的质子化状态呢，麻烦老师指点一下

(, 下载次数 Times of downloads: 50)

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-7-23 09:47

sobereva 发表于 2021-7-23 03:31

谢谢sob老师回复，感谢老师的指点

作者
Author: tanshy 时间: 2023-8-19 15:05
您好，请问不同ph下蛋白的MD模拟，除了在蛋白预处理的时候预测不同ph下的残基质子化状态，还需要什么额外的处理吗？在模拟的时候参数设置和普通的分子动力学模拟一样吗？有什么需要额外设置的模拟参数呢？

作者
Author: Blake 时间: 2023-11-28 23:23
本帖最后由 Blake 于 2023-11-29 01:13 编辑

sobereva 发表于 2021-7-23 03:31

Sob老师，如果只想对特定两种氨基酸进行质子化处理，例如ASP和GLU，那么怎么进行选择呢？我尝试了gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp -glu是不行的。是否需要先交互式选择其中一种残基，然后用生成的gro文件作为新的输入文件再选择另一种残基？例如：step1：gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp；step2：gmx pdb2gmx -f protein.gro -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp。我这么做的时候是没有报错的，就是不知道会不会有隐含的其他问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 00:25

Blake 发表于 2023-11-28 23:23
Sob老师，如果只想对特定两种氨基酸进行质子化处理，例如ASP和GLU，那么怎么进行选择呢？我尝试了gmx pdb ...

尝试用-inter

作者
Author: Blake 时间: 2023-11-29 01:10
本帖最后由 Blake 于 2023-11-29 01:12 编辑

sobereva 发表于 2023-11-29 00:25
尝试用-inter

谢谢Sob老师的回复。我的蛋白质体系比较大，是多聚体蛋白，总计4000多个残基，如果用-inter的话需要通过交互判断的残基实在太多，而我只需要修改两种类型的氨基酸，这种情况的话依然是使用-inter更好吗？此外，如果使用-inter的话，一些特殊情况比如说遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP，和判断-COOH\-COO-等，这都是PROPKA预测残基pka后所不能得到的信息，我想请教一下这种情况又该如何判断HSE\HSD\HSP和-COOH\-COO-等呢？

作者
Author: Blake 时间: 2023-11-29 05:51

sobereva 发表于 2023-11-29 00:25
尝试用-inter

来跟Sob老师说一下问题已解决，谢谢Sob老师的帮助~~我刚才又尝试了一下，发现确实不可以逐步进行修改。因为在处理-asp之后再处理-glu会有“Atom OT1 in residue ASP 174 was not found in rtp entry ASP with 12 atoms while sorting atoms.”报错，所以只能通过-inter进行处理。我刚才发现如果不进行残基pka修改直接生成gro文件（gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh）后有各个残基的原始标准化残基名称，对照着这个gro文件可以解决“遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP，和判断-COOH\-COO-”等问题，以及通过写脚本可以解决需要修改的残基数太多的问题。

作者
Author: 刘梦琪 时间: 2024-3-25 16:41
本帖最后由刘梦琪于 2024-3-25 16:42 编辑

Blake 发表于 2023-11-29 05:51
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能否请教一下，关于您刚刚提到的“如果不进行残基pka修改直接生成gro文件（gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh）后有各个残基的原始标准化残基名称，对照着这个gro文件可以解决“遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP，和判断-COOH\-COO-”等问题”这一步是怎么比对的呀？如何选择HIS呀？

作者
Author: z虫虫 时间: 2024-8-30 16:26

Blake 发表于 2023-11-29 05:51
来跟Sob老师说一下问题已解决，谢谢Sob老师的帮助~~我刚才又尝试了一下，发现确实不可以逐步进行修改。因 ...

您好，可是这样处理固定的残基是为啥呀？在实际实验中不就没法对应设定的H++的PH了嘛？另外我有个疑问，H++给出的结果里面，是如何判断残基的电荷状态呢，比如说H++会给PI值然后说在特定PH下的总电荷是多少，是根据这个PI和PK1/2进行inter判定还是根据PK1/2和实际PH进行inter判断呢

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