计算化学公社

标题: 求助：寻找Cu(Ⅱ)配位有机小分子的过渡态 [打印本页]

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 11:35
标题: 求助：寻找Cu(Ⅱ)配位有机小分子的过渡态
前辈们好，本人计算入门，想请教各位一个我在通过高斯09计算Cu(Ⅱ)配位有机小分子的过渡态时，高斯正常结束。有且只有一个112.43 cm-1的虚频。使用基组为opt=(calcfc,ts,noeigentest) freq ub3lyp/6-311g(d)

Charge = 2 Multiplicity = 2
得到的过渡态结构如下图，并且做了gap=LUMO-HOMO的图，感觉这个结果很奇怪，为什么gap差距那么大而且HOMO,LUMO都下降了那么多，因此我又跑了IRC，参考了sob前辈的http://sobereva.com/400后，不论我怎么调试IRC=(maxpoints=20,calcfc)，都只出现3个点。详情请见附件，谢谢！

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-1-4 13:04
本帖最后由北大-陶豫于 2021-1-4 13:06 编辑

感觉你应该把 log chk 等文件都贴上来……还有，你输入文件有 Geom=Connectivity 就算了， Geom=AllCheck 还带着几何结构坐标是啥意思……

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 13:40

北大-陶豫发表于 2021-1-4 13:04
感觉你应该把 log chk 等文件都贴上来……还有，你输入文件有 Geom=Connectivity 就算了， Geom=AllCheck ...

您好，chk文件太大了我贴不上去。

作者
Author: RAL 时间: 2021-1-4 14:40
感觉Cu不应该只和你发的这个分子配位吧，配位数只有2不太稳定，应该是还要考虑别的配体，比如溶剂分子；另外过渡金属配合物用B3LYP不是最佳选择，可以用TPSS-D3，参考http://sobereva.com/272

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 16:03

RAL 发表于 2021-1-4 14:40
感觉Cu不应该只和你发的这个分子配位吧，配位数只有2不太稳定，应该是还要考虑别的配体，比如溶剂分子；另 ...

好的谢谢，但是我还是想请教一下前辈，这个HOMO,LUMO在加了铜离子之后怎么变化的这么奇怪，变低的太多了吧，就算是我基组选择上有出入也不至于差很远啊，溶剂我用的隐式溶剂使用没有考虑，谢谢！

作者
Author: RAL 时间: 2021-1-4 17:00

xiaoxu 发表于 2021-1-4 16:03
好的谢谢，但是我还是想请教一下前辈，这个HOMO,LUMO在加了铜离子之后怎么变化的这么奇怪，变低的太多了 ...

首先，你建的模型我觉得是有问题的，一个裸露的铜离子和你的分子配位不妥，所以这样算出来的结果也不一定有意义，也就可能不需要解释或者解释不出来有用的信息。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-4 17:21

xiaoxu 发表于 2021-1-4 16:03
好的谢谢，但是我还是想请教一下前辈，这个HOMO,LUMO在加了铜离子之后怎么变化的这么奇怪，变低的太多了 ...

就是因为你没考虑溶剂分子。没有溶剂分子的条件下，配体场几乎没有分裂，gap当然很小。

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 17:32

wzkchem5 发表于 2021-1-4 17:21
就是因为你没考虑溶剂分子。没有溶剂分子的条件下，配体场几乎没有分裂，gap当然很小。

好的，受教了前辈

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 17:33

RAL 发表于 2021-1-4 17:00
首先，你建的模型我觉得是有问题的，一个裸露的铜离子和你的分子配位不妥，所以这样算出来的结果也不一定 ...

好的谢谢前辈

作者
Author: xiaoxu 时间: 2021-1-4 17:44
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327 sob前辈的博文

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-19 14:26
您好，我想请问您一个基础的问题，这里是铜和氮进行配位，想知道如何在gaussview中放置铜？如何衡量铜和氮之间的距离？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-19 16:55
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-10-19 11:01 编辑

xxzj 发表于 2021-10-19 07:26
您好，我想请问您一个基础的问题，这里是铜和氮进行配位，想知道如何在gaussview中放置铜？如何衡量铜和氮 ...

比如你想让Cu和某个已有的N原子配位。先在那个N原子上面加一个H，然后左上角点开元素周期表，选Cu，用这个Cu替换你加的那个H。然后选中N和Cu，调键长（固定N，只让Cu动），再调一调相关的键角和二面角，让Cu原子跑到你想要的位置

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-19 18:19

wzkchem5 发表于 2021-10-19 16:55
比如你想让Cu和某个已有的N原子配位。先在那个N原子上面加一个H，然后左上角点开元素周期表，选Cu，用这 ...

嗯呢，明白了，谢谢老师

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