计算化学公社

标题: 出现“No default LJ-14 types”问题怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-4 16:58
标题: 出现“No default LJ-14 types”问题怎么解决？
在执行命令：gmx grompp -f ions.mdp -c tl_GMX_solv.gro -p tl_GMX.top -o ions.tpr 时，出现No default LJ-14 types的问题，希望大神给指导一下，谢谢。
ions.mdp文件是从GROMACS网站上下载的，tl_GMX.top（修改过）和tl_GMX.itp文件都是从ATB在线网站上生成的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 14:47
forcefield.itp里都已经有了[defaults]字段，怎么能再出现一次
;[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333

你的做法也莫名其妙，既然你用ATB，干嘛要用acpype创建的top文件

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-5 15:00

sobereva 发表于 2021-1-5 14:47
forcefield.itp里都已经有了[defaults]字段，怎么能再出现一次
;[ defaults ]
; nbfunc comb-rule ...

啊我搞清楚了，老师。犯了一个比较白痴的错误，我把ATB和acpype搞混了，十分感谢您的解答！

作者
Author: tww 时间: 2021-6-4 15:26

黑择明发表于 2021-1-5 15:00
啊我搞清楚了，老师。犯了一个比较白痴的错误，我把ATB和acpype搞混了，十分感谢您的解答！

请问您这个问题具体是怎么解决的？我不太懂，希望您能够指点一下

作者
Author: tww 时间: 2021-6-4 16:32

sobereva 发表于 2021-1-5 14:47
forcefield.itp里都已经有了[defaults]字段，怎么能再出现一次
;[ defaults ]
; nbfunc comb-rule ...

老师，您给我解释一下“既然你用ATB，干嘛要用acpype创建的top文件”吗？我用antechamber产生ACE（醋酸分子）的拓扑和坐标文件（cp.prmtop cp.inpcrd），用acpype脚本转换为gromacs的拓扑和坐标文件（ACE_GMX.itp和ACE_GMX.gro），选择GROMOS 53A6力场，SPC水模型，gmx grompp -f ions.mdp -c box_ACE_water.gro -p topol.top -o ions.tpr也出现了上面的报错，并且还有坐标不匹配的致命错误。希望您能帮我解答一下！！！十分感谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-5 09:58

tww 发表于 2021-6-4 16:32
老师，您给我解释一下“既然你用ATB，干嘛要用acpype创建的top文件”吗？我用antechamber产 ...

你直接用acpype产生gmx的拓扑文件不就完了，干嘛要自己用antechamber？
而且acpype、antechamber产生的拓扑文件通常都是GAFF的，GROMOS力场根本不是这里俩程序支持的。你缺乏基本常识

作者
Author: tww 时间: 2021-6-5 17:35

sobereva 发表于 2021-6-5 09:58
你直接用acpype产生gmx的拓扑文件不就完了，干嘛要自己用antechamber？
而且acpype、antechamber产生的 ...

感谢老师您的回复，我今天在abt上下载了乙酸分子拓扑文件，然后选择GROMOS 53A6力场，在gmx grompp -f ions.mdp -c box_ACE_water.gro -p topol.top -o ions.tpr后出现报错ERROR 1 [file ace.itp, line 12]:Atomtype CPos not found，这个是不是仍然力场跟使用的itp文件不符合？刚刚接触蛋白质研究，很多常识不知道，。经常提问，请老师海涵！！！

作者
Author: snljty 时间: 2021-6-5 21:04

tww 发表于 2021-6-5 17:35
感谢老师您的回复，我今天在abt上下载了乙酸分子拓扑文件，然后选择GROMOS 53A6力场，在gmx grompp -f io ...

那个网站叫ATB不叫ABT。他们自己定义了一些原子类型，不是标准的GROMOS力场的原子类型。下载力场文件的时候要同时下载他们修改的GROMOS力场文件，然后Include所以itp的时候都选修改后的。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)