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标题: 关于DNA碱基三联体的结构优化 [打印本页]

作者
Author: Yikan 时间: 2021-1-5 10:07
标题: 关于DNA碱基三联体的结构优化
大家好，我有一个体系是由DNA的碱基配对的三联体组成约有200个原子，要对其结构进行优化，看了一些介绍如果使用Gaussian进行优化耗时比较长，问一下有没有其他合适的软件可以进行结构优化的？还有该怎么搭配泛函和基组才能得到较为理想的结果？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-5 10:13
用ORCA优化，先用GFN2-xTB做初步优化，然后用B97-3c之类的方法做精细优化。
注意要显式考虑第一配位层的水，外面的水用隐式溶剂模型描述，并且考虑适当加入一些配阳离子。更严格的做法是用QM/MM，用MM描述水和配阳离子，但那样门槛可能高一些。

作者
Author: Yikan 时间: 2021-1-5 10:36
谢谢您的指点，问一下，对溶剂和离子的处理需要在GFN2-xTB初步优化时就加入么？还是精细优化时再考虑溶剂和离子？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 13:53

Yikan 发表于 2021-1-5 10:36
谢谢您的指点，问一下，对溶剂和离子的处理需要在GFN2-xTB初步优化时就加入么？还是精细优化时再考虑溶剂和 ...

GFN-xTB预优化的时候就可以考虑

作者
Author: Yikan 时间: 2021-1-5 15:00
谢谢卢老师！

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